התושבים מציינים שהשם קשור לעץ הערער שהיה נפוץ באזור בתקופות קודמות. אחרים קשרו את המקום עם העיר ערוער שנזכרת בתנ"ך, אולם בפועל השם ערוער מציין שני יישובים אחרים, שאחד מהם הוקם בנגב והשני היה ליד נחל ארנון בירדן.
עץ ערער אחד בשפה הערבית הוא נקבה (מכאן באה האות "ה" בסוף במילה) ומזה מתקבל השם ערערה.
יזיד בן אלמוהלב, מפקד הצבא המוסלמי בן המאה השביעית, השתמש במילה ערערה באיגרת ששלח למושל עיראקאל-חג'אג' בן יוסף. באיגרת, מסר כי הצבא המוסלמי נשאר ליד שפלת ההר כשאילץ את האויב לברוח למקום הגבוה שנמצא בין פסגת ההר ובין הגבעה. מפקד הצבא השתמש במילה ערערה כדי לציין את המקום הגבוה שהאויב נמצא בו, ואכן הכפר הקדום נבנה במקום הזה משלוש סיבות עיקריות:
המקום היה מבצר טבעי שהגן על התושבים מפלישות של שבטים שונים שנכחו באזור;
בניית הכפר במקום הררי אפשרה ניצול מרבי של האדמות החקלאיות שבעמק ואדי עארה;
המקום סיפק לתושבים מקורות מים כאשר נבנו הבתים העתיקים סמוך למעיין המים המרכזי בכפר (עין אל-בלד).
היסטוריה
מרבית אוכלוסיית ערערה עד התקופה הצלבנית הייתה כנראה שומרונית. אל-מסעודי, ההיסטוריון והגאוגרף המוסלמי בן המאה העשירית, ראה שרוב התושבים בכפר השתייכו לדת השומרונית. גילוי מערכות קבורה לשומרונים בערערה מחזק טענה זו, לצד הדעה הרווחת במחקר שמרבית תושבי השומרון היו שומרונים. אחרי הכיבוש הצלבני הקימו הצלבנים מבצר על פסגת ההר שנקרא בשם Castallum שבא להגן על דרך ואדי עארה שחיברה בין העיר קיסריה ובין הגליל.
בשנת 1265 השתלט על הכפר השליט הממלוכיביברס, אחרי שכבש את מבצר אפולוניה (רשפון, שליד הרצליה) מידי הצלבנים. ההיסטוריון המוסלמי אל-מקריזי התייחס לכפר באומרו שביברס חילק את אדמות הכפר לשני נסיכים מוסלמים, האחד בשם עלאא אלדין אל-דוידאר והשני בשם סיף אלדין קפג'. חלוקת האדמות לנסיכים ולמפקדי צבא הייתה דרך מקובלת לתשלום שכר ואמצעי חשוב בהידוק הקשרים בין השליטים הממלוכים ובין אנשים שהשתייכו לאליטה הממלוכית.
בתקופה העות'מאנית הוזכר הכפר ערערה בספר המיסים של המדינה העות'מאנית והיה אזכור ראשון למשפחות שהתגוררו בכפר במאה ה-17. משפחות אלה לא התקיימו בסוף המאה ה-18 כאשר הוחלפו במשפחות אחרות שעדיין קיימות בכפר. בראשית המאה ה-19 התרחשה הגירה מצרית שנבעה מעליית מוחמד עלי לשלטון וניהול מדיניות מיסים חדשה שפגעה במשפחות רבות וגרמה להן לעזוב את הדלתא של הנילוס ולהגר לאזור המשולש. מקור נוסף להגירה מצרית היו חיילים מצרים שהעדיפו להישאר במקום אחרי הכיבוש המצרי של האזור בשנת 1831. מצב זה הוביל לכך שכחצי מתושבי ערערה נקראים עד היום בשם מצארוה, כלומר המצריים.
בתקופת המנדט הבריטי, ב-17 באוגוסט1936, התנהל בכפר קרב קשה בין המורדים הערבים ובין החיילים הבריטים, שאילץ את הצבא הבריטי לתגבר את כוחותיו באזור כדי להתגבר על המרידות השונות שהיו באזור השומרון. בראש המורדים בקרב ואדי ערערה עמד אלשיח' עטיה עוד' אל-מצרי (המצרי) שהיה תלמידו של עז א-דין אל-קסאם, מראשי המורדים בבריטים, וגייס תושבים רבים מן הכפר כלוחמים נגד הבריטים באמצעות הטפה דתית לאומית. בעקבות דיכוי המרידות בשומרון הוקמו באזור בסיסי משטרה בריטים על מנת למנוע מרד עתידי.
במלחמת העצמאות היה בכפר בסיס צבאי לצבא העיראקי, שפעל עם הלגיון הירדני. נוכחות הצבא העיראקי בכפר גרמה לכך שפליטים רבים מאזור חיפה והכרמל שהו באופן זמני בכפר עד שסולקו בשנת 1949 על בסיס הסכמי רודוס בין מדינת ישראל ובין ירדן, שבמסגרתם הועבר הכפר לשלטון ישראלי עם תושביו המקוריים ובכך נאלצו הפליטים הרבים לעזוב את הכפר.
בכפר נמצא אתר קדוש – מקאם א-שיח' ח'לף. מבנה מקאם עתיק עם כיפה בצורת מסגד. בתוך המבנה נמצאים שלושה קברים. המבנה היה חלק ממערכת ההגנה של האיובים ושל הממלוכים נגד הצלבנים. כך שהמבנה שימש בעיקר כמקום גבוה לתצפית על אזור נחל עירון, שנחשב כאזור מעבר עיקרי לתנועות הצבא בימי הביניים. אולם היה ניסיון מצד השלטונות הממלוכיים לתת הילה דתית למקום, כדי לשמור עליו במהלך הדורות על ידי התושבים המקומיים. לצורך זה יוחס המקום לדמות קדושה מדרגה ראשונה המכונה "וַלִי", מילה שפירושה – הנאמן של האל. כך הוא נתפס כמחולל נסים הן במהלך חייו וגם לאחרי מותו. כדי לחזק טענה זו יוחסו שלושת הקברים שבמבנה לאישיות הדתית של א-שיח' ח'לף ובניו.
אף על פי שנראה שא-שיח' ח'לף היה מיתוס ולא היה לו שום זכר בספרות הדתית הרי אתר א-שיח' ח'לף הפך במהלך הדורות למוקד לעלייה לרגל אצל תושבי הכפרים הסמוכים. במקום נערכו טקסים שונים להתרת נדרים שונים שנגעו לחיי היומיום של התושבים אשר כללו גם הקרבת קורבנות לקדוש אשר נתפס כמתווך בין האל ובין המאמין. קדושת המקום לא התייחסה רק למבנה הקבר עצמו אלא גם לעצים אשר נמצאו מסביבו. התושבים ייחסו לעצים סגולות רפואיות רבות בשל קרבתם למקום הקדוש. בשנות ה-80, לאור השפעת התנועה האסלאמית, חדלו התושבים להקריב קורבנות במקום, דבר שנחשב בעיניהם כאסור מבחינה דתית. למרות זאת, אחרי חילול הקברים על ידי אלמונים בשנת 2001, חוללה התנועה האסלאמית סערה פוליטית באזור כאשר האשימה את מוסדות המדינה שהם אחראים לנזק שנגרם לקברים. התנועה ניסתה גם לגייס את תמיכת תושבי ערערה והכפרים הסמוכים על ידי שיקום המבנה מחדש והכרזתו כמקום הקדש (ווקף) אשר שייך לכלל המוסלמים בעולם. האתר משמש היום כסמל תרבותי ודתי עיקרי לכפר ערערה ולכפר עארה.