יפה נפטר בשנת 1978, בגיל 66, ונקבר בהר הזיתים. הותיר את אשתו ושני ילדיו, ישי ואורית[7].
שמו הונצח בבית הספר לעובדי הוראה בכירים על-שם עמנואל יפה בירושלים.
פועלו הספרותי והמוזיקלי
יפה פרסם ספרי לימוד והדרכה ועשרות מאמרים בנושאי חינוך. כמו כן חיבר לחנים ופרסם מספר ספרי ילדים, בהם ספרו "מיקי-מהו ואליהו". הסיפור פורסם בהמשכים לראשונה בעיתון "עיתוננו לקטנים" בשנת 1935, והוא אף אויר בידי יפה. "מיקי מהו ואליהו" נחשב כסיפור הקומיקס המקורי הראשון בארץ ישראל.
בשנת 1976 כונסו כמה ממאמרים בקובץ "על מחנכים וחינוכם".
לאחר מותו כונס מבחר מכתביו על ידי חיים אורמיאן בקובץ "במעגלי חינוך" (1979).
כתביו
לילדים
מיקי-מהו ואליהו; חרוזים וציורים מאת עמנואל יפה, חיפה: דפוס אות, 1939. (הדפסה מחודשת: תל אביב: רשפים, תשל"ד)
העיר דץ; הציורים: א[סתר] ברלין-יואל, חיפה: אשכול, 1943. (קובץ שירים וחרוזים)
שמואל בלומנטל, יום הולדתו של פוק-פוק; החרוזים מאת עמנואל יפה; התמונות מאת שמואל בלומנטל, חיפה: [חמו"ל], 1944. (סיפורים מחורזים על עלילות גמד וידידיו החרקים)
חברים וידידים, חיפה: אשכול, תש"ז 1946. (שירי ילדים)
עמנואל יפה (עורך), כתבי-סתרים (על פי מגרוז ואחרים), חיפה: אשכול, תשי"ד.
חינוך
עמנואל יפה (עורך), חשבון: חוברת לניסיון, לשנת תש"ב, 3 כרכים, חיפה: בית הספר הריאלי העברי, תש"ב. (התוכן: כרך א: למכינה ב', ערוכה ע"י עמנואל יפה; כרך ב: למכינה ג', ערוכה ע"י עמנואל יפה, אבשלום גולדשטיין; כרך ג: למכינה ד', ערוכה ע"י אליהו בן דוד, עמנואל יפה) (מהדורה ב: חשבון למכינה ד': חוברת לניסיון לשנת תש"ו, ערוכה ע"י אליהו בן דור, עמנואל יפה, תש"ו)
עמנואל יפה, סוניה כהנא-חר"ג, הדרך אל הבריאות: הוראות ההיגיינה בכתות היסוד של בית הספר העממי; דברי פתיחה מאת מ[רדכי] ברכיהו, תל אביב: יבנה, 1947. (מהדורה ב מחודשת: תש"ך 1960)
מאוצר השירה לבני הנעורים; האחראי: עמנואל יפה, חיפה: בית הספר הריאלי העברי, תשי"ד 1953.
עמנואל יפה, אבשלום גולדשטין, יסודות החשבון, 4 כרכים, חיפה: אשכול, 1954–1958. (התוכן: כרך ב: לשנת הלמודים השניה, 1954; כרך ג: לשנת הלמודים השלישית, 1957; כרך ד: לשנת הלמודים הרביעית, תשי"ז; כרך ה: לשנת הלמודים החמישית, תשי"ח) (הדפסה נוספת, בשם: "ספר החשבון שלי: יסודות החשבון", תש"ך 1959–1961) (ראה אור בתרגום לערבית)
הוראת החשבון בבית הספר היסודי, תל אביב: אוצר המורה, תשי"ד. (ראה אור בהדפסות נוספות)
המחברת (חוברת ה של איגרות למורה בשאלות חינוך והוראה), ירושלים: משרד החינוך והתרבות, תשי"ח. (מהדורה ב: תש"ך)
המורה בישראל: הכשרתו והשתלמותו ב-25 שנות המדינה, ירושלים: משרד החינוך והתרבות – האגף להכשרת עובדי הוראה ולהשתלמותם – המחלקה להכשרת עובדי הוראה, תשל"ג 1973.
על מחנכים וחינוכם: לקט רשימות ומאמרים, ירושלים: משרד החינוך והתרבות – המחלקה ולהכשרת עובדי הוראה, המחלקה להשתלמות עובדי הוראה, תשל"ו.
לאחר מותו:
במעגלי חינוך; כינס וערך: חיים אורמיאן, ירושלים: משרד החינוך והתרבות, המזכירות הפדגוגית, האגף להכשרת עובדי הוראה ולהשתלמותם, תש"ם 1979. (קובץ זיכרונותיו ומאמריו)
ממאמריו
צמח צמריון, עמנואל יפה, 'עובדי החינוך: מעמדם והכשרתם', בתוך: חיים אורמיאן (עורך), החינוך בישראל, ירושלים: משרד החינוך והתרבות, תשל"ג, עמ' 335352.
לקריאה נוספת
יוסף בנטוויץ', 'יזכור – עמנואל יפה ז"ל', פתחים (רבעון למחשבת היהדות) ג–ד (43–44) (1978), 18–19.
נחמה ניר יניב, 'לזכרו של מורי ורבי עמנואל יפה ז"ל', הד הגן מב (1978), 438–439.