הוא חיבר את הספרים מאורי נתן וחק נתן, אך הם לא נדפסו ואבדו במשך השנים. ציטוטים מהם משוקעים בכתבי תלמידיו, כמו ספר "שדה יצחק" של תלמידו הרב יצחק גויטע.
הרב נתן אדאדי החל בהכנות להשלמת הכרך השני של חמיו ר' מסעוד - מעשה רקח פירוש על משנה התורה לרמב"ם (הלכות זכייה ומתנה פרקים י"א - י"ד), ולהדפסתם מכתבי יד, אך לא השלים את המשימה. נכדו, ר' אברהם חיים אדאדי, השלים בסופו של דבר את הספר ופרסם אותו בליוורנו בשנת 1862.