נולד לרב אפרים מרדכי וחנה אסתר. סבו מצד אביו היה רבי מרדכי ומרת מרים [מנ"כ בביה"ח בצפת סמוך ונראה לציוה"ק האר"י ז"ל והיא"צ שלה ביום ד' מנ"א], האדמו"ר ממיקולייב חתן הרה"ק רבי חיים אברהם רעדליך ממיקולייב חתנו ובן אחותו ומ"מ של הרה"ק רבי מאיר מפרימישלאן שושלת פרמישלאן (אביו רבי אפרים מרדכי שמרלר נולד לאחר פטירתו ונקרא על שם אביו). אמו של הגרנ"צ הנ"ל מרת חנה אסתר הייתה בתו של הרב מאיר חיים אוירבך רבה של מוׂנָסְטרִיץ' (אנ') בן הרב נחמן זאב בן הרב דוד צבי הגדול אויערבאך בן הרה"ק רבי לייבוש מסטניסלב תלמידו של הבעל שם טוב, רבי מאיר חיים אויערבאך היה חתן הרה"ק מנחם מענדל מסאטנוב חתן הרה"ק רבי יוסף משה בן הרה"ק רבי אברהם יהושע השיל מאפטא ורבי מנחם מנדל הנ"ל היה בן רבי חיים מסאטנוב בן הרבי יוסף מיאמפלא בן הרה"ק רבי יחיאל מיכל מזלוטשוב .
בשנת תרצ"ח לקחוהו אנשי הגסטאפו באמצע שיעור והושיבוהו במעצר וחקירות במשך שבועיים[1] עקב הלשנת משרתתגויה על השפלה בענייני דת מכיוון שלא הסכים לאכול מבישוליה וכן עקב טענות על מניעת חופשות ודמי חופשה. במשפט שנערך נפסק עליו צו גירוש תוך שמונה שבועות מגבולות אוסטריה ואם לא יעזוב עד אז יגורש לדכאו. לאחר ששוחרר מהמעצר פעלו בני הקהילה להשיג עבורו אשרות כניסה לארצות הברית ולישראל. כשהגיע האישור לארץ ישראל מיד פעל להשגת ויזה והספיק לצאת מווינה לפני תום שמונת השבועות.
בהיותו בתל אביב היה רבי אהרן רוקח מבעלז שולח אליו שאלות בהלכה והיה מכנהו "הדיין החסידי". רבי אברהם מרדכי אלתר, ה"אמרי אמת" מגור היה קם בפניו. הרב יוסף צבי דושינסקיא אמר עליו שפוסק בדרכו של החתם סופר.
בקיץ תש"ח נחלה ונפטר ביום שישי, כ"ה בסיוון. נקבר בבית הקברות סנהדריה 20 דקות לפני שקיעת החמה כשבמהלך הלוויה נורו על המלווים יריות מהגבול הירדני. הספדים לזכרו נישאו בישיבת חיי עולם במהלך השבעה, בין היתר על ידי ממלא מקומו בראשות הישיבה, רבי דב בריש וידנפלד, הרב מטשיבין. חידושי תורתו הודפסו בספר "אמרי נפתלי" (שני כרכים). דברי תורה רבים ממנו נשארו בווינה ואבדו בשואה.
