מוצא הנחל ממוקם בגובה של כ־520 מטרים מעל פני הים, במורדות רמת עלמה, כקילומטר ממושב עלמה. כיוון הזרימה שלו הוא מזרחה. מעל הנחל, במרכז התוואי שלו, ממוקמת חורבת קציון.[1] במורדות הר אליעזר, כ־1.5 קילומטרים מערבית למושב שדה אליעזר ובגובה של כ־200 מטרים מעל פני הים, נחל קציון נשפך לנחל דישון.[2]
