הנחל נקרא בערבית "ואדי אל-ח'וישין" ו-"ואדי אל עמיק" (وادي الخوشين ووادي الأميك) ופירוש שמו הוא "הנחל העמוק". השם העברי יסף מושפע ככל הנראה מצליל שמו של הכפר העתיק יסיף שנמצא בסמיכות.[1]
בשנת 2009 החלו דיווחים רבים על זיהום של מי הנחל, מי התהום וכן את חוף הים וגדודיות הסלעים (שברי הסלעים שעברו תהליכי גידוד) שבקו החוף. המשרד הישראלי להגנת הסביבה החל בקביעת תקנות והליכים לשיפור איכות המים בנחל. בסיור לאורך הנחל שנערך בינואר 2009 נצפה זרימת שפכים אל הנחל. המים, המלווים בקצף ובריח רע זרמו לכיוון ערוץ הנחל הזורם מערבה אל הים התיכון.
אתרים בסמוך לנחל
אמת המים של עכו
בסמוך לנחל ניתן למצוא את אמת המים לעכו שנבנתה בשנת 1815 בידי שליט עכוסולימאן פחה על מנת להעביר מים מאזור כברי לשלל תושבי עכו. אמת המים הייתה פעילה עד לקום המדינה. קטע הקשתות הגבוה ביותר של אמת המים ניצב לגובה של 13 מטרים וניצב מעל לאפיק הנחל.
מתלול נחל יסף
יחידה קטנה יחסית בגבול הסקר הדרומי. היחידה הזו כוללת את ערוצו המרכזי והעליון של נחל יסף. יחידה זו מתנקזת לנחל יסף.
חצרות יסף
על גדתו הצפונית של הנחל נמצאות חצרות יסף - שם שניתן ליחידת דיור זמני ששימשה את גלי העלייה הגדולים מאתיופיהומברית המועצות. חצרות יסף נבנו בשנת 1991.