ב-1909 יצא יחד עם חבריו מאיר רוטברג ובן ציון ישראלי ("חבורת יחד" או "שלישיית יחד") לקבוצת כנרת. הם עבדו והתגוררו בבית המוטור הסמוך לחוות כנרת, יחד עם ממש"י ופועלים נוספים אך נקלעו לסכסוך עם משה ברמן, האגרונום שניהל את הפעילות החקלאית במקום ונאלצו לעזוב לסג'רה ולאחר מכן למסחה. נפתולסקי חזר עם רוטברג לרחובות אך שב לאחר זמן מה לכנרת.
עיסוקו העיקרי, מלבד עבודה בשכירות ושמירה, היה בניסיונות חקלאיים לגידול סוגי ירקות וחיטה שונים בשיטות של חקלאות שלחין. הוא הצליח להשיג קרקע בה ביצע ניסיונות באופן פרטי, בסמוך לחוות כנרת.
בכנרת התקרב נפתולסקי אל רחל המשוררת ובין השניים נקשרה ידידות אמיצה, אשר ידעה עליות ומורדות. נפתולסקי הוקסם והתאהב ברחל וביקש את חברתה, גם רחל התרשמה מהשילוב שהיה בו בין רוחניות לכוח, אומץ ועבודת אדמה. נפתולסקי היה אידיאליסט קיצוני, עובד אדמה מסור שחי מהיד לפה והתנזר מחיי מין.[1] לעיתים היו השניים זוג קרוב ולעיתים התרחקו דרכיהם. רחל שמרה לו טינה כיוון שלא טיפל בה בעת חוליה.
מדריך חקלאי ובוטנאי
לאחר מלחמת העולם הראשונה הוזמן נפתולסקי על ידי מחלקת ההתיישבות של ועד הצירים בהנהלת האגרונום עקיבא אטינגר לעבוד כמדריך חקלאי בירושלים ולפתח שתילים לייעור. באותה תקופה שהתה גם רחל בירושלים והשניים נפגשו מדי פעם. לאחר כשנה עבר לקבוצת מרחביה להדריך חיילים משוחררים מהגדוד העברי האמריקאי ("גדוד 39 של קלעי המלך"). עד 1933 עבד בתחנת הניסיונות החקלאית של ההנהלה הציונית ובאותה שנה, עם ייסוד בית הספר החקלאי כדורי, עבר ללמד שם חקלאות וגידול ירקות תחת ניהולו של שלמה צמח.
ביתו של נפתולסקי היה ברחוב גלבוע 12 בגבעתיים. הוא מסר את כל רכושו לקק"ל ולעיריית גבעתיים ובסוף חייו חי בדלות. לאחר מותו שימש הבית כמרכז פדגוגי של עיריית גבעתיים וכעת הוא משמש מעון לחיילים בודדים בשם "בית קובי".
על משטח המשתלה שלו הוקם "בית השקם" שכיום הוא מרכז מסחרי. לידו נמצאת "גינת מרים" ע"ש אחותו מרים נפתולסקי שנפטרה בדמי ימיה.
סמוך ל"בית קובי", (גלבוע 10), נמצא בית בודד ואטום בו התגוררו פעם מאיר רוטברג ואשתו חיה שהיו ידידיו של נפתולסקי.
במקביל עבד נפתולסקי עם בוטנאים כגון האחים קושניר, אלכסנדר איג ואחרים במסעות לאיתור וזיהוי צמחים. בשנת 1925 גילה נפתולסקי בצל של שושן צחור (Lilium candidum) ברכס פקיעין בגליל העליון, בהיותו במשלחת בוטניקאים בראשות איג.[3]
הוא נטל תחת חסותו את טוביה, בנו של ידידו שמעון קושניר, ולימד אותו את תורת הבוטניקה ה"טבעית", שמקורה במסעות בשטח ולא באולמות ההרצאות של האוניברסיטה.
נפתולסקי לא נישא מעולם. לדברי הביוגרף של רחל ובן משפחתה, אורי מילשטיין, נפתולסקי חלם להתחתן עם רחל, ולאחר מותה היסס אם לבקש את ידה של אחותה, שושנה, דבר שלא קרה למרות שהשניים חיו עוד שנים רבות לאחר מות רחל.[5] נפתולסקי נפטר בגיל 90, ונטמן, לפי בקשתו בחייו, בבית הקברות כנרת, ליד קבר המשוררת רחל.
על קברו נחקק הכיתוב: ”מראשוני העלייה השנייה, ידיד לצמחים וחלוץ חקלאות השלחין”.
כתביו
השמיים מצפים מחכה האדמה - שירי חנינא איש נבו, תל אביב: עקד, תשל"ה 1975. (עם הקדמה מאת אורי קושניר, אחיו של טוביה קושניר.)
מחזור השלחין, תל אביב: ההנהלה הציונית בארץ ישראל – תחנת הניסיון החקלאית והמחלקה להתיישבות חקלאית – מחלקת ההדרכה (חוברת טו), תרפ"ז 1927.
גדול סלק למספוא (Beta vulgaris sativa), תל אביב: ההנהלה הציונית בארץ ישראל – תחנת הניסיון החקלאית והמחלקה להתיישבות חקלאית – מחלקת ההדרכה (חוברת טו), תרפ"ט 1929.
המרעה בהרים ובעיותיו, רחובות: הסוכנות היהודית לארץ ישראל – תחנה לחקר החקלאות – מחלקת ההדרכה (חוברת לז), תש"ה 1945.
שמעון קושניר, אנשי נבו: פרקי עלילה של אנשי העלייה השניה, תל אביב: עם עובד, 1968. (מספר את סיפורם של בני העלייה השנייה תוך כדי התמקדות בסיפור חייו של נח נפתולסקי)
אורי קושניר, 'איש הצמחים והפרחים, נח נפתולסקי', טבע וארץ יז (תשל"ו), 277–273.
שמעון קושניר, 'על ניסיון גידול החיטה בשיטה הסינית בארץ ישראל בראשית המאה ומחוללו נח נפתולסקי', נופים 7 (תשל"ז), 12–14.
מוקי צור, 'שירת טבע וניצני תפיסה אקולוגית אצל חלוצי העליות הראשונות', עתון 77 357–358 (2011), 33–34.
צבי ליבנה, נחמן תמיר, אנשי העלייה השנייה - פרקי זכרונות - כרך ה', הוצאת המרכז לתרבות ולחינוך תל אביב, 1972, עמודים 145–147
