נייתן שירת כמהנדס בצבא הבריטי בסיירה לאון1883, במצרים (1884–1885) ובהודו (1887–1891). בשנת 1889 קיבל דרגת קפטיין, ובין ה-11 במאי1895–1898 כיהן כמזכיר ועדת ההגנה הקולוניאלית של ממשלת בריטניה. בשנת 1898 קיבל דרגת מייג'ור.
במסגרת תפקיד זה פעל נייתן לצד המפלגה הפרלמנטרית האירית, וסייע לה להתכונן לשליטה עצמית באירלנד, וכן פעל לגיוס חיילים באירלנד על מנת לסייע לכוחות הבריטיים שלחמו במלחמת העולם הראשונה. בשל החשש מעידוד גרמני של השאיפות הלאומיות האיריות, הפעיל נייתן את סמכויותיו מכוח חוק הגנת הממלכה 1914 ואסר על פעולות של עיתונים שפרסמו כתבות לאומיות.
ביום שישי הטוב, 21 באפריל1916 נתפסה אונייה גרמנית שעליה כלי נשק המיועדים ללאומנים איריים, בחוף מחוז קרי. ביום שני של חג הפסחא, 24 באפריל1916 פרצה מרידת חג הפסחא. נייתן שהה במצודת דבלין שהותקפה במהלך המרד. שערי המצודה נסגרו ונייתן נותר כלוא במצודה עד הגעת תגבורת בריטית בשעות הערב, אשר שחררה את המצור על המצודה. נייתן נותר במצודה עד דיכוי המרד ב-30 באפריל כשהוא מעדכן את הממשלה הבריטית בלונדון. בעקבות המרד, ב-3 במאי התפטר בירל מתפקידו, ולבקשת בירל התפטר גם נייתן.
ועידת חקירה ממלכתית שחקרה את נסיבות המרד מתחה ביקורת על פעולותיהם של בירל ונייתן שלא צפו את המרד ולא התכוננו לו, או מנעו אותו.
לאחר התפטרותו מונה נייתן לשר במשרד הפנסיה, ונותר בתפקיד זה עד שנת 1919. בשנת 1920 מונה למושלקווינסלנד, תפקיד בו כיהן עד שנת 1925. בתפקיד זה עודד הגירה בריטית לקווינסלנד.
