בשנת 1903 היגר עם משפחתו לארצות הברית והתיישב בפרובידנס שברוד איילנד. היה מראשי הקהילה היהודית בפרובידנס ושימש יושב ראש סניף ההסתדרות הציונית המקומית.
בשנת 1922 שב עם משפחתו לארץ ישראל. ייסד בתל אביב את בנק אמריקה-ארץ ישראל. כעבור זמן עבר להתגורר בחיפה, שם יסד עם בנו שמואל שמעון בן-ציון את שכונת בן-ציון (כרמליה כיום), הקרויה על שם משפחתו. כמו כן יסד את בית הכנסת "בוני ציון" על הכרמל, שאף הוא נקרא על שמו.[2]
נפטר בחיפה בשנת 1946, ונקבר בהר הזיתים. בנו ד"ר שמואל שמעון בן-ציון הרחיב את פעילותו והקים בירושלים שכונה נוספת על שם משפחתם, וכן הקים את שכונת כרם משה בתל אביב על שם אביו של מרדכי בן-ציון. בתו שושנה בן-ציון-הראלי הייתה מנהלת ארגון אמהות עובדות בחיפה.
