כיום המקדש ממוקם כ-9 מטרים מתחת לגובה העיר המודרנית. המקדש נחפר על ידי האגיפטולוג הצרפתיאוגוסט מרייט (1821–1881). המבנה ששרד הוא אולם ההיפוסטיל, זהו אולם גדול ובו 24 עמודים מרשימים בגובה 20 מטרים - הוא רק אולם הכניסה, שגודלו כנראה כרבע מגודלו של המקדש המקורי. יתר חלקי המקדש עדיין קבורים מתחת לבנייני העיר המודרנית.
בשנת 2003 הוכרז המבנה כאתר מורשת עולמית כאחד מסדרה של מקדשים שהוגדרו המקדשים הפרעוניים במצרים העלינה מהתקופה התלמיית והרומית. המקדשים האחרים הם מקדש דנדרה, מקדש אדפו ומקדש קום אומבו.
המקדש
המקדש הוקדש לאל ח'נום (במצרית עתיקה: ) - אל בעל ראש של אייל, שעל-פי אמונת המצרים העתיקים הוא זה שיצר את גופם של בני האדם מתוך בוץ הנילוס. המקדש הוקדש גם לאלים נוספים - ניית, הקא, סטט, מנחיט.
כתובות רבות על הקירות, על העמודים ועל התקרה, מוקדשות לנושאים מיתולוגיים, לחישובים אסטרונומיים, והקדשות למלכים שבנו את המקדש. ביניהן הכתובות הידועות המאוחרות ביותר שנכתבו עדיין בכתב הירוגליפי - מהמאה ה-3 לספירה. בחצר שלפני המקדש - פסל של מנחיט - אלה דמוית לביאה, אשתו של ח'נום.
המקדש הממוקם מתחת לפני הקרקע במרכז העיר מועד לנזקים הנגרמים ממי השפכים של העיר, ועל כן מועצת העתיקות של מצרים שוקלת להעביר את המקדש למקום אחר.
גלריית תמונות
מבנה המקדש
מקדש איסנא כפי שצויר על ידי מישלחתו של קארל ריכרד לפסיוס בין השנים 1845-1842
