ראשיתו של מחנה רעים כבסיס שהייה ארעי בתקופת ההתנתקות. מחנה הקבע הוא תוצאה של תהליך תכנון שהחל בשנת 2005 בעקבות הכוונה של צה"ל לסגת משטחי רצועת עזה. כחלק מהמהלך, הוחלט כי כל כוחות צה"ל ירוכזו בפריסה החדשה במחנה אחד. את המחנה תכנן האדריכל צבי מוססקו וחנוכתו התקיימה בשנת 2009 לאחר שמפקדת האוגדה ומפקדות החטיבות המרחביות הכפופות לה עברו לשכון בו. מבני הרווחה במחנה מומנו בעזרת תרומות של יהודים מארצות הברית באמצעות האגודה למען החייל (אדריכל מנהל: רמי יוגב).
במחנה מבני ציבור שבנייתם סובסדה באמצעות כספי תרומות שהתקבלו ממספר משפחות יהודיות בארצות הברית; סך תרומות אלה עמד על 50 מיליון שקלים מתוך 185 מיליון השקלים שעלתה הקמת המחנה כולו.
