מאז ועד היום, כמוזיאון מורכב, הוא מקשר בין הפעילות בתחום הארכאולוגיה, ההיסטוריה, האתנולוגיה, וההיסטוריה האמנותית בסקופיה וסביבתו. בנוסף למחקר שיטתי, איסוף, סידור, הגנה ואחסון, המוזיאון מבצע עיבוד מקצועי ולימוד מדעי של חומר המוזיאון והצגתו הציבורית באמצעות פרויקטים ותערוכות.