המבצר ממוקם על שטח סלעי, מעל גדת נהר הדניסטר. בתחילה נבנתה תלולית עפר גדולה עם קירות עץ, כדי להגן על היישוב חוטין ובניית האבן הראשונה הייתה קטנה למדי, במקום שבו נמצא היום המגדל הצפוני. לאורך מאות השנים עבר מבצר זה שיפורים, שיפוצים והרחבות רבות, לא פעם הוא נפגע על ידי כובשים חדשים, שלימים יבנו אותו מחדש.
בסוף המאה ה-11 היה מבצר חוטין שייך לנסיכות טרבובליה. במהלך שנות ה-40 של המאה ה-12 הפכה המצודה לחלק מנסיכות האליץ', ובשנת 1199 הייתה חלק מנסיכות האליץ'-וולין.[1]
מהמאה ה-13 עד המאה ה-16
בין השנים 1250–1264, הנסיך דניאל מגליציה (אנ') ובנו ליאו (אנ') בנו מחדש את המצודה. הם עיבו את קיר האבן בחצי מטר, בנו חפיר ברוחב של 6 מטר ובנו מבנים צבאיים בחלק הצפוני של המבצר.
במחצית השנייה של המאה ה-13, הוא נבנה מחדש על ידי הגנואים.[2][3]
במהלך שנות ה-40 של המאה ה-13 נכבשה המצודה על ידי הנסיך המולדבי דראגוס, שפעל תחת חסותה של ממלכת הונגריה. כעבור כמאה שלושים שנה, בשנת 1375 המבצר היה חלק מנסיכות מולדביה. תחת שלטונו של אלכסנדרו הטוב, ולאחר מכן שטפן הגדול. המבצר נבנה מחדש והורחב מאוד, לצורתו הנוכחית: החומות החדשות נבנו ברוחב של 5–6 מטרים והתנשאו לגובה של כ-40 מטר. נוספו שלושה מגדלים, החצר הורמה ב-10 מטר והיא חולקה לשני חלקים, האחר לנסיכים והאחד לחיילים. החצר חולקה לחצאי נסיכים וחיילים.
במהלך המאות ה-14–16 המבצר שימש כמקום מגורים לנסיכים מולדביים.
בתחילת המאה ה-16 המבצר נכבש על ידי כוחות האיחוד הפולני-ליטאי ובמהלך המלחמה התערערו החומות, נהרסו שלושה מגדלים, אך לאחר הכיבוש, בין השנים 1540 ל-1544 ההריסות נבנו מחדש.
בשנת 1600, סמיון, אביו של פטרו מוהילה, ואחיו נסיך מולדביה – ירמיה מובילה, בתמיכת פולין, מצאו מקלט במבצר.[4] במלחמתם נגד כוחות מולדביה וולאכיה בראשות מיכאל האמיץ.
ב-1615 שב הצבא הפולני וכבש את חוטין. כעבור כשנתיים המבצר חזר לשליטה טורקית ובשנת 1620 העיר והמבצר שוב נכבשו על ידי הצבא הפולני.
בספטמבר-אוקטובר 1621, צבא האיחוד הפולני-ליטאי, בפיקודו של הטמאן ונוספים הצליח להרחיק את צבאו של הסולטאן הטורקי, עות'מאן השני שהגיע עם צבא שגודלו מוערך ב-100,000 חיילים, בקרב הידוע כ"קרב חוטין - 1621 (אנ')". ב-8 באוקטובר 1621 נחתם הסכם השלום ונקבע שנהר דניסטר יהיה הגבול עם האימפריה העות'מאנית ונסיכות מולדביה הייתה תחת חסותה של האימפריה העות'מאנית.[2]
בתחילת המאה ה-18, האימפריה העות'מאנית הייתה מודאגת מאוד מהכוח ההולך וגדל של פטר הגדול – הצאר של רוסיה והחשש היה שהצאר יתקוף את צבא האיחוד הפולני-ליטאי ולאחר מכן את מולדביה, שכאמור הייתה תחת החסות העות'מאנית. בשנת 1710 הכריזה האימפריה העות'מאנית מלחמה על רוסיה. כעבור שנה, פטר הגדול פלש למולדביה, אך נכשל ורוסיה נאלצה לחתום על הסכם שלום חדש עם האימפריה העות'מאנית.[2]
בשנת 1715 החלו מהנדסים צרפתים בבניית "המבצר החדש", שנמשכה שלוש שנים. הביצורים החדשים הם מלבן של 1,200X250 מטר, ומורכבים מסוללת עפר ושבעה מעוזים חמושים בתותחים כבדים. נבנו שערים חדשים למבצר, שנקראו בשמות טורקיים (שמותיהם ישונו במאה ה-19). בין חומות המבצר החדש היה ארמון הפאשא, חצר מפקד המבצר, צריפים, מסגד עם צריח, מתחם מגורים לקציני חיל המצב, חצרות שירות ומחסנים, מאפיות, מרחצאות, אורוות ובתי מלאכה.[3] המתחם המבוצר אכלס בימי שלום, חיל מצב של 20,000 חיילים עם אספקה ותחמושת, עם אפשרות להציב במקום 60,000 חיילים בזמן מלחמה.[2]
רק לאחר מלחמת רוסיה–טורקיה (1806–1812) הפכה חוטין לחלק קבוע מרוסיה ולמרכז מחוז בבסרביה. עם זאת, כשהטורקים נסוגו, הם הרסו כמעט לחלוטין את המצודה.
בשנת 1832, נבנתה הכנסייה של אלכסנדר נבסקי על השטח שבתוך המבצר.
בשנת 1856 הודיעה הממשלה כי מבוטל המעמד הצבאי של מבצר חוטין.
במהלך המצור הטורקי על מבצר חוטין לא הייתה בו באר. ילדה אמיצה התנדבה לעזור למגיני המצודה, וירדה על גבי סולם חבלים לנהר. בשובה פגע בה חץ טורקי והיא מתה רק לאחר שנתנה את המים ללוחמים.
לפי אגדה אחרת, נערות תמימות מוקמו בחומה, כביכול, כדי להגן על המבצר. בלילות ניתן עדיין לשמוע את בכיין. אחד המקורות לאגדה זו הוא כתם ענקי על החומה, אך מחקר קבע שמדובר בכתם שמן מיובש.
במרתף המבצר היה בית כלא לאסירים ועד עכשיו אפשר לשמוע שם אנחות.