בפרוץ המלחמה שהה בוורשה ועבר לגטו ורשה. שם היה ממקימי אצ"י, הארגון הצבאי היהודי. תפקידו הרשמי באצ"י היה ענייני תקשורת ותעמולה. הוא דאג להפצה של פוסטרים, עלונים, מידע בעיתונות הגטו ועוד. בנוסף לתפקיד זה, רודל לקח חלק בתכנון וניהול, ונחשב לאחד מהמוחות העומדים מאחורי פעילות הארגון. בהמשך הצטרף גם אחיו אברהם לשורות אצ"י. במהלך קיץ 1941 ביחד עם פרץ לסקר הוא הפיק עיתון.
במרד גטו ורשה לחם בקרבות בכיכר מורנובסקה. יום לפני תחילת המרד, ב-18 באפריל 1943, היה עם קבוצת לוחמים במורנובסקה 7. שם נשא נאום חוצב להבות המציג את תפיסת עולמו[1]:
"כולנו ניפול כאן. אלה בקרב, הנשק בידם, ואלה כקורבנות שווא. אך חשוב כי יישמר זכר הקרב שלנו, כי העולם יֵדע כי היה קרב. קרב קשה, עקוב מדם... אף לא לרגע היה פקפוק בלִבי כי גרמניה של היטלר תובס, לא בלִבי ולא בלב חברי... כי אנו לוחמים למען בני עמנו וכי נמות למענם! כי אנו מאמינים שמדינה יהודית קום תקום, אחרי מאבק עם אויבינו, שם בארץ הרחוקה..."
ביום הרביעי ללחימה, ה-22 באפריל, היה נראה שהגרמנים הולכים להכניע את כיכר מורנובסקה בה התבצר אצ"י. הגרמנים ניסו בכל הכוח להוריד את הדגלים, הציוני והפולני, שהניף אצ"י על ידי הלוחם ג'ק אייזנר. רודל ניסה למצוא דרך להפתיע את הגרמנים ולהכות בהם מהלמה קשה. הוא לבש מדי קצין אס אס ואיתו עוד ארבעה לוחמים בעלי חזות ארית לבושים במדי אס אס. הם יצאו לכיוון החיילים הגרמנים שעמדו בכיכר. ארבעת הלוחמים השתלבו בחיילים ואילו רודל בא מול החיילים ועשה עצמו כקצין. הוא צעק במלוא הביטחון:
"למה אתם עומדים שם, קופים שכמותכם? מה אתם מביטים על הדגלים המסכנים האלה?...קדימה אחרי! Jude Verecke (מוות ליהודי!)"...
כל החיילים התקדמו אחריו לחצר אחד הבתים סביב הכיכר. הוא אמר שעליו לבדוק בעצמו כיצד להוריד את הדגלים ולכן ייקח רק ארבעה חיילים, אלו הם לוחמי אצ"י המחופשים, ואיתם ייכנס לבניין. הם עלו והגיעו לחלון הפונה לחצר. משם זרקו רימונים על החיילים ההמומים ובמקביל כל לוחמי אצ"י בכיכר פתחו באש. תוכניתו של רודל לשמירה על הכיכר הצליחה לעת ההיא.[2].
ב-25 באפריל 1943, אחר שהקרב בגטו היה בסיומו, ציווה פאוול פרנקל, מנהיג אצ"י, לרודל לצאת עם קבוצת לוחמים מחוץ לגטו. הם התמקמו בדירת מסתור שהוכנה מראש בדירב ברחוב גז'יבובסקה 11/13. מהדירה תכננו רודל וקבוצתו להיכנס לתוך הגטו, לפעולות הצלה של האנשים האומללים בגטו הבוער. ב-5 במאי יצאו לפעולה הראשונה, וחילצו מהגטו חבורת יהודים. יום למחרת, ב-6 במאי, שבו לגטו להוציא את שאר החבורה. בדרכם חזרה אנשי האס אס והמשטרה הכחולה ארבו להם. במקום התחולל מאבק קשה ובסופו נרצחו כל היהודים, וביניהם גם רודל.
