פאבר שירת בצבא הצרפתי בין אוקטובר 1932 לאוקטובר 1933 ושוחרר בדרגת רב-טוראי. הוא שב ללימודיו בפריבור ובשנת 1934 נשבע את שבועותיו הדתיות (אנ').
פאבר הוסמך לכמורה בשנת 1936 ושירת בקהילה בשווייץ (מוסד פלורימון - Institut Florimont - שליד ז'נבה) וכן בקהילות באזור מזרח צרפת, ליד הגבול עם שווייץ. הוא היה אוהד כדורגל ותיאטרון, כתב מחזות והעלה אותם עם תלמידיו הצעירים על במת התיאטרון שפעל בבית הספר בפלורימון.
בשנת 1939 החל פאבר לעבוד בתור מורה בבית הספר בו למד כנער, ז'ובנה.
פעילותו בתקופת השואה
בספטמבר 1939, עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, שב פאבר והתגייס לצבא הצרפתי. באוגוסט 1940, לאחר פלישת גרמניה לצרפת וכניעת צרפת, שב פאבר לכפרו ויל-לה-גרן והמשיך להורות בבית הספר. בשנת 1941 שב לתקופה קצרה להורות במוסד פלורימון בשווייץ.
באפריל 1942 שב פאבר לצרפת והיה חבר במספר תאי מחתרת נגד הגרמנים ונגד שלטונות משטר וישי ששיתפו עמם פעולה. הוא סיפק מידע מודיעיני לקבוצות מחתרת באזור וכן לאנשי מודיעין של בעלות הברית שהיו ממוקמים מעבר לגבול, בשווייץ.
לאחר המעצרים ההמוניים של קיץ 1942 באזור הכבוש הבריח האב פאבר יהודים רבים מצרפת אל מעבר לגבול שווייץ, בשיתוף פעולה עם אנשי צוות נוספים בבית הספר, בהם האב ז'ילבר פרנו ורמון בוקאר (Raymond Boccard) שלימים הוכרו גם הם בתור חסידי אומות העולם. בין המבקשים להימלט היו גם חברי תנועת ההתנגדות הצרפתית, טייסי בעלות הברית שמטוסיהם הופלו וכן צעירים נוצרים רבים שביקשו לברוח משירות החובה של הצרפתים בגרמניה הנאצית (אנ'), אליו גויסו בכפייה למעלה מ-100,000 צעירים צרפתים בשנות מלחמת העולם השנייה. מאות פליטים עברו את הגבול באזור פעילותם של פאבר וחבריו, ובסיועם.
בפברואר 1944 פשטו הגרמנים על בית הספר בו לימד האב פאבר, עצרו חלק מחברי הסגל החינוכי, חקרו אותם וסגרו את בית הספר.[1] פאבר נמלט והסתתר, אך כששמע שחבריו נחקרים באלימות, הסגיר את עצמו כדי למנוע את המשך סבלם. רוב חבריו שוחררו אך פאבר נחקר באלימות ולאחר מספר חודשים במעצר, במספר בתי כלא, הוצא להורג בסנו (צר'), ליד ויל-לה-גרן, עם שבעה אסירים נוספים. הוא סירב להצעות של חבריו למחתרת להיות מוברח מבית הכלא, שכן חשש שהגרמנים ינקמו בחבריו שייוותרו בכלא.