נולד בצנעא שבתימן, בשם ישראל כְּסָאר, למשפחת כסאר אלחכם, משפחת סוחרים ידועה שהעמידה רבנים גדולי תורה (בהם הרב חיים כסאר, מזקני חכמי תימן בירושלים). בגיל שנתיים עלה לארץ ישראל עם משפחתו.
קיסר החל את פעילותו הציבורית כבר בגיל צעיר. כשהיה בן 21, בתחילת שנות ה-50, נמנה עם ראשי המחלקה ליוצאי תימן שליד מרכז מפא"י. בסוף שנת 1954 נבחר למזכירות מפא"י המצומצמת לצד דוד בן-גוריון, משה שרת ופנחס לבון. בשנים 1960–1961 שימש כיועץ לשר העבודהגיורא יוספטל. בשנים 1961–1966 שימש כיועץ תעסוקה ראשי במשרד העבודה. ב-1961 עמד בראש ועדה ציבורית להכוונה לעיירות פיתוח.
בשנת 1985 הייתה ההסתדרות הצלע השלישית בנוסף לממשלה ולמעסיקים בהבאת תוכנית הייצוב הכלכלית, שמטרתה העיקרית הייתה להוריד את שיעור האינפלציה שהרקיעה שחקים. תוכנית זו זכתה להצלחה גדולה וייצבה את המשק בישראל.
בשנת 1988 נחתם הסכם קיבוצי למעבר המגזר העסקי לשבוע עבודה בן חמישה ימים, ובשנת 1990 הוצא להסכם זה צו הרחבה.[5] שני צעדים אלה ביססו תהליך שהחל בשנות ה-70, ונמשך גם לאחר הוצאת צו ההרחבה, של מעבר הדרגתי של המשק לשבוע עבודה בן חמישה ימים.
פעל לרווחתם של חברי ההסתדרות על ידי הקמת מרכזי ספורט ונופש (קאנטרי קלאב) בערים שונות בארץ יחד עם הקמת אולמות להופעות, "מופת" בערים שונות (ירוחם, באר שבע, ראשון לציון, אשקלון, חדרה, בית שאן, עפולה ועוד)[6].
תקופתו התאפיינה בפיתוח גדול של תשתיות התחבורה, שהועלו לראש סדר העדיפויות בידי ממשלת רבין. תקציב הפיתוח גדל ממיליארד שקל בשנת 1992 לשני מיליארד שקל בשנת 1995. בין השאר יזם עם מע"צ את הקמת המנהרות בירושלים בכביש 4 שחצה את ירושלים מצפון לדרום, עם חברת "נתיבי הגליל" את קידום פרויקט "מנהרות הכרמל", בתל אביב יחד עם חברת נתיבי איילון הורחבו נתיבי איילון.
בתקופה זו גם התקבלה ההחלטה לפרויקט "נתב"ג 2000" - הקמת טרמינל גדול ומשוכלל שיכלול "שרוולים" שיאפשרו מעבר מהיר מהמטוס לאולמות עצמם.
הוגדל מספר משרדי הרישוי על מנת להקל על קהל הנהגים בארץ - הם הוקמו בראשון לציון, רחובות, אריאל, כרמיאל, אילת ועוד. בנוסף התאפשר לנהגים להעביר בעלות על הרכב בסניפי הדואר החל מ-1 בינואר 1996. רישיונות הנהיגה הוחלפו לרישיונות ממוחשבים מפלסטיק בגודל של כרטיס אשראי.
הוא העביר מספר תקנות תחבורה המלוות אותנו עד היום - חגירת חגורות בטיחות במושב האחורי ברכב, נסיעה עם אורות מ-1 בנובמבר עד 31 במרץ, חידוש רישיון הנהיגה כל 10 שנים ביום ההולדת של הנהג, פנס בלימה אחורי בכל רכב בחלקו העליון האחורי, העלאת המהירות בחלק מהכבישים הבינעירוניים מ-90 קמ"ש ל-100 קמ"ש ועוד.
בימיו הוקמה תחנת הרדיו "גלגלצ" - רשת רדיו לנהגים המשדרת דיווחי תנועה שוטפים. הוקמה גם תחנת "קול הדרך" של קול ישראל.
בחודש מרץ 1994 הביא לאישור הממשלה את מדיניות "השמים הפתוחים" היוצרת אפשרויות חדשות לפיתוח קשרי תעופה עם העולם והפותחת את שוק התעופה לתחרות מבוקרת והמורידה את מחירי הטיסות.
בחודש יוני 1996 פרש קיסר מהחיים הפוליטיים בסוף כהונתו כשר התחבורה. הוא לא התמודד בבחירות לכנסת הארבע עשרה.
קיסר היה נשוי למזל עד לפטירתה, ולהם בן ובת. הוא התגורר בראשון לציון. נפטר ב-8 בספטמבר 2019, בגיל 88 בבית החולים וולפסון, לאחר שאושפז שם בשל סיבוך של דלקת ריאות בה לקה.
הנצחתו
ב-10 במרץ 2021 נקרא על שמו גן ההסתדרות בראשון לציון, שנמצא בפינת הרחובות ז'בוטינסקי-רוטשילד[6]. על אבן הזיכרון נכתב: "איש העבודה והיוזמה, אוהב השכלה וספר, נלחם כל חייו למען זכויות האדם והעובד, עמד בראש מחנה העובדים, לחם למען צדק ושוויון חברתי, פורץ דרך ומוביל שינוי, חי לאור אמרת אנשי "הפועל הצעיר" - "לא בחיל ולא ברעדה אלא רק בעבודה"."