בין המדינות התקיימו יחסים דיפלומטיים מלאים מאז 1950, ונחתם ביניהן הסכם סחר חופשי. שגרירות ישראל בקולומביה שוכנת בבוגוטה, ושגרירות קולומביה בישראל שוכנת ברמת גן. נכון ל-2022, שגריר ישראל בקולומביה הוא כריס קנטור,[1] ושגרירת קולומביה בישראל היא מרגריטה אליאנה מנחארז הררה.[2]
באוקטובר 1957 שתי המדינות כוננו יחסים דיפלומטיים ובעקבות זאת פתחו שגרירויות בתל אביב ובבוגוטה[6]. היחסים שודרגו בשנת 1988, כשהסכם סחר משמעותי נחתם בין המדינות.
בתחילת חודש אפריל 2015 נכנס לתפקיד שגריר ישראל בקולומביה מרקו (משה) סרמונטה. בספטמבר אותה שנה החל ארז זיונץ לכהן כנספח הכלכלי-מסחרי של מינהל סחר חוץ במשרד הכלכלה והתעשייה[10]. ב-2016, לאחר שנחתם הסכם הפסקת האש בין ממשלת קולומביה לארגון "FARC", הצטרפה ישראל ליוזמה בינלאומית לסייע למדינה לאחר יישום ההסכם. במסגרת הסיוע הישראלי, הגיעה משלחת קולומביאנית לישראל כדי לקבל הדרכה לפינוי מוקשים מהרשות לפינוי מוקשים[11].
ביוני 2019 אושר הסכם סחר חופשי שנחתם בין שתי המדינות בשנת 2013[13]. הסכם זה מפחית את המכסים על מוצרים תעשייתיים וחקלאיים בין שתי המדינות, ומאפשר לחברות ולפרטים ישראלים להשקיע בקלות רבה יותר בכלכלת קולומביה, הנחשבת לכלכלה השנייה בגודלה בדרום אמריקה. היצוא הישראלי לקולומביה הסתכם בכ-143 מיליון דולר בשנת 2012, והורכב ברובו מציוד תקשורת, מכונות, מכשירים חשמליים ומכניים ומוצרים כימיים[14]. במשך השנים, קנתה קולומביה מישראל מטוסים, מזל"טים ומערכות מודיעין[15].
במשך שנים רבות הייתה נחשבת קולומביה בעלת ברית קרובה של ישראל.
היחסים בין המדינות הגיעו לשפל עם חילופי השלטון בקולומביה באוגוסט 2022 והשבעת גוסטבו פטרו כנשיא קולומביה, עת לראשונה בהיסטוריה נבחר לכהן בתפקיד מועמד פרו-בוליברי מהשמאל הקיצוני.
ב-15 באוקטובר2023 השווה נשיא קולומביה גוסטבו פטרו את התקפות צה"ל ברצועת עזה במהלך מלחמת חרבות ברזל לשואה; בעקבות כך, השעתה ישראל את הייצוא הביטחוני למדינה והשגרירה זומנה לשיחת נזיפה במשרד החוץ.[17] בתגובה כתב נשיא קולומביה ברשת החברתית טוויטר כי "אם נצטרך להשעות את היחסים עם ישראל - נשעה אותם. אנחנו לא תומכים ברצח עם".[17][18] לאחר מכן, ביום ה-10 למלחמה דרשה קולומביה משגריר ישראל לעזוב את המדינה,[19][20] וב-1 בנובמבר, היום ה-26 למלחמה, הוחלט בקולומביה להחזיר את השגריר מישראל.[21]
ב-8 ביוני הודיע נשיא קולומביה על עצירת אספקת הפחם לישראל. קולומביה סיפקה 30% מתוצרת הפחם של ישראל. נשיא קולומביה חתם על צו האוסר ייצוא פחם לישראל באוגוסט 2024.[22]