שגריר ישראל בפראג כיהן בתחילה גם כשגריר ישראל בסלובקיה. לאחר מכן הועבר הטיפול ביחסי ישראל-סלובקיה לידי שגרירות ישראל בווינה. מאז החלטתה של ישראל למנות שגריר תושב רשמי בברטיסלאבה, נמצא שגריר ישראלי רשמי בסלובקיה, ושגריר סלובקי רשמי בישראל.
יחסים ביטחוניים
באוקטובר 2000 ביקר סגן שרהביטחוןאפרים סנה בסלובקיה. במסגרת הביקור נבדקו אפשרויות לשיתוף פעולה בתחום התעשיות הביטחוניות בין שתי המדינות.
ביקורים רשמיים מטעם המדינות
הביקור הרשמי הראשון בין שתי המדינות היה של שר החוץ הסלובקי בינואר1994. באותה שנה הגיע לישראל שר ההגנה הסלובקי. באפריל 2000 ביקר ראש עיריית ברטיסלאבה בירושלים במסגרת כנס ראשי ערים.