יחסים דיפלומטיים רשמיים בין המדינות כוננו ב-13 ביוני1949 על ידי חתימת חוזה ידידות. טורקיה הקימה את שגרירותה במנילה בשנת 1990, ואילו הפיליפינים הקימה את שגרירותה באנקרה באוקטובר 1991. טורקיה הקימה גם קונסוליית כבוד בסבו בשנת 1992.
הפיליפינים אינה חתומה על חוזה הסגרה עם טורקיה. טורקיה תומכת בפתרון הסכסוך בדרום הפיליפינים והייתה מעורבת בשיחות השלום של ממשלת הפיליפינים עם החזית לשחרור האסלאם מורו (MILF). טורקיה היא חלק מהגוף העצמאי להפסקת הפיקוח (IDB) המפקח על הפסקת הכוחות המזוינים של MILF. ארגון טורקי הוא גם חבר בצוות המעקב של צד שלישי המוטל עליו לפקח על יישום כל ההסכמים בין הממשלה הפיליפינית לבין MILF. חברות טורקיות השתתפו במודרניזציה של שישה נגמ"שים של צבא הפיליפינים.
