בינואר 1993 נפרדה צ'כוסלובקיה לשתי מדינות עצמאיות: הרפובליקה הצ'כית וסלובקיה. הרפובליקה הצ'כית שמרה לעצמה את ההמנון והדגל של צ'כוסלובקיה, ומיד באותו יום כוננו יחסים דיפלומטיים עם דנמרק. היחסים בין צ'כיה לדנמרק מתוארים כ"טובים ", ושתי המדינות הן חברות מלאות בנאט"ו ובאיחוד האירופי.
יחסים דיפלומטיים
צ'כיה מחזיקה בדנמרק שגרירות בקופנהגן וקונסוליה באורהוס, ואילו דנמרק מחזיקה בצ'כיה רק שגרירות בפראג.
יחסים כלכליים
היצוא הדני הסתכם ב-4 מיליון קרונה דנית, והיבוא הסתכם ב-4 מיליון קרונה דנית בשנת 2009.
ההשקעות הדנית בצ'כיה היו 10 מיליארד קרונה דנית, והם מחזקות את הידידות הדו-צדדית בין המדינות. לגו, מארסק ובאנג & אלופסן הן חלק מהחברות הדניות שיש להן השקעות בצ'כיה.