יוהאן תמך באחיו וילהלם לא רק מבחינה פוליטית אלא גם כלכלית, ואף העניק מקלט למשפחתו כאשר הם היו צריכים לברוח מהולנד עם פרוץ מלחמת שמונים השנים. בשם אחיו הוא היה מעורב במעצרה ובהסגרתה של אשתו השנייה של וילהלם, אנה מסקסוניה, ומאסרה של עורך דינה יאן רובנס, שהואשם בפרשת אהבים עם אנה, ומאוחר יותר היה יוהאן אחראי לחינוך בתה כריסטינה פון דיאץ. לאחר התייצבות המצב בהולנד, החזיר יוהאן את ההלוואות שניתנו למלחמה נגד ספרד. בשנת 1594 הוסכם על פרעון זה, אך רק לאחר 30 שנה ניתן היה להשלים אותו.
שלושה מבניו וארבעת אחיו נפלו בקרבות לשחרור הולנד. יוהאן היה היחיד מבין אחיו שמת מסיבות טבעיות, כשהיה בן 69.
במהלך שלטונו שנמשך כמעט 50 שנה, נערכו 70 משפטים נגד מכשפות, שהובילו ל-40 הוצאות להורג, כולל 3 התאבדויות, אולם מספרים אלו היו הרבה פחות מהממוצע במדינות האחרות שנוהל בהן ציד מכשפות.
._Graaf_van_Nassau_Rijksmuseum_SK-A-538.jpeg)
