קיסר החל את דרכו המוזיקלית בתחילת שנות השבעים כנגן ליווי של אמנים רבים, בהם אהובה עוזרי ובעז שרעבי. נגינתו כגיטריסט בעל צליל וסגנון ייחודי החלה להתגבש בלהקתו הראשונה אותה הקים עם רמי דנוך, להקת "צלילי העוד". בהמשך הפך לנגן מבוקש וכך תרם לאלבומיהם והופעותיהם של גדולי הזמר המזרחי, בקריירה ארוכת שנים שנמשכה מאז ועד היום, ובהם זוהר ארגוב, ג'קי מקייטן, אהובה עוזרי, שימי תבורי, מרגלית צנעני, חיים משה, משה גיאת, זהבה בן, שרית חדד, מייק שריף, אייל גולן ועוד. האמן איתו מזוהה קיסר ביותר היה זוהר ארגוב, שאותו ליווה לאורך כל הקריירה הקצרה שלו, בהקלטות אולפן ובהופעות. בשנותיו האחרונות הופיע ארגוב, לעיתים רק עם מכונת תופים ועם ליווי של יהודה קיסר בגיטרה.
סימן ההיכר הייחודי של קיסר הוא מגבעת, שאותה הוא מקפיד לחבוש בכל הופעה פומבית.
כיום, נגנים רבים מחקים את סגנון הנגינה הייחודי הזה והוא אף מזוהה כסגנון "קיסר", על שמו.
פעילות כיום
בשנת 2009 התארח קיסר באלבומו של גלעד שגב "נועדנו", שבו ניגן בגיטרה בשיר הנושא, "נועדנו".
ב-2010 התארח באלבומה של להקת הדג נחש "6", וניגן עם הלהקה בשיר "שיר נחמה".
בתקופה זו יהודה קיסר נעלם מקדמת הבמה ואף נקלע לקשיים כלכליים בעקבות הצפה באולפן ההקלטות שלו. חבריו הטובים נרתמו לעזרתו וערכו לכבודו אירועי התרמה שונים.
באותה תקופה היה מנגן ומוכר דיסקים בימי שישי ברחבת סופרים ומתחמים מסחריים,[1] בשוק ראש העין וכן בשוק מחנה יהודה בירושלים.
ב-16 בפברואר2010 הקליט יהודה קיסר את "נעימת הקיסר", נעימה אינסטרומנטלית חדשה שהופקה בשיתוף פעולה עם האתר חריף.[2]
ביולי 2015, השתתף בתוכנית המציאות "אקס פקטור ישראל", בעונתה השנייה. הצליח לעבור עם להקתו "יהודה והקיסרים" את שלב האודישנים, אך לא צלח את שלב מחנה האימונים. כיום, הלהקה עדיין מופיעה על הבמות.
בדצמבר 2017, בהחלטת השרה מירי רגב, קיבל פרס מפעל חיים מטעם משרד התרבות והספורט על פועלו ותרומתו למוזיקה הישראלית והים תיכונית. כמו כן, קיבל מענק זכייה בסך 50,000 ש"ח.
