יאנוש הילינגר נולד במשפחה יהודית לאדולף הילינגר (יליד נאג'ווארד פקיד בית משפט והוצאה לפועל ולאסתר קליין.[2] סבו וסבתו מצד אביו היו ליפוט (לייב) הילינגר ואילונה שפיצר (1856–1939), סבו וסבתו מצד אמו היו איגנץ קליין ורגינה באום. אביו נהרג במלחמת העולם הראשונה ויאנוש למעשה כמעט לא הכיר אותו.
אמו, אסתר קליין עבדה בדואר והייתה מפעילת טלגרף. על פי האגדה, היא זו שהעבירה בטלגרף לוולדימיר איליץ' לנין את הודעת ההכרזה על הרפובליקה הסובייטית ההונגרית. אסתר גידלה את שני בניה לבדה בנסיבות קשות ודאגה להשכלתם. אישטוואן סיים כצורף מאסטר, יאנוש הילינגר סיים את הגימנסיה הריאלית ההונגרית המלכותית הממלכתית על שם לאיוש קושוט בפשטארז'בט עם תוצאות מצוינות (1931). הוא השלים את השכלתו הגבוהה בפקולטה לרפואה של אוניברסיטת פטר פאזמאן בבודפשט (שמה היום אוניברסיטת אטווש לוראנד). יאנוש היה ספורטאיקרב עשר במהלך שנות לימודיו. הוא היה ספורטאי מצוין, בעל אינספור פרסים ומדליות. כל עוד הזמן התיר, הוא עסק בספורט גם כרופא.
בסיום לימודיו תחילה עבד בקאלוז (מחוז פייר) כרופא. אמו מכרה את בית משפחתם כדי שתוכל לשלם עבור הקמת המרפאה הרפואית של בנה, כי כיהודי לא התקבל לשום משרה בתקופה זו. ב-1942 הצטרף למפלגה הסוציאל-דמוקרטית של הונגריה. כיהודי, בין השנים 1943–1945 נלקח למחנות שרות העבודה (עבודות כפייה לגברים יהודים עבור הצבא ההונגרי). הוא היה במחנות ועבד בקומארום, ארשקאויוואר, ג'רג'נאורוספאלו, קשבר, ושופרון וגם בסמוך לווינה בתקופה זו. הוא גורש למחנה ריכוז ועבודה בגרמניה בינואר 1945. הוא דיבר לא רק גרמנית ספרותית היטב, אלא גם את הניב הווינאי. כישורי השפה והכוח הפיזי שלו הצילו אותו במהלך חפירת מלכודת לטנקים ליד וינה. אמו ואחיו גורשו ב-27 ביוני 1944. באותה שנה ניספו בשואה אישטוואן במילדורף בבוואריה בסמוך למחנה הריכוז דכאו ואמו במאוטהאוזן.[3]
לאחר שחרורו, מ-15 באפריל עד 14 במאי 1945 עבד יאנוש בבית החולים קאפובאר. לאחר סיום מלחמת העולם השנייה חזר לקישלאנג, שם התגורר באותה תקופה, והפך לנשיא הארגון המקומי של המפלגה הסוציאל-דמוקרטית (SZDP). ב-1946 מונה לקצין הרפואה של העיר סקשפהרוואר ולנשיא מחוז פייר של ה-SZDP. לאחר הבחירות של 1947 (שנערכו בשיטת הסלמי) כשלב בתפיסת השלטון בהונגריה של המפלגה הקומוניסטית ההונגרית בראשותו של מתיאש ראקושי (היהודי) שוחרר הילינגר ב-1948 מתפקידו במפלגה ופרש מהפוליטיקה. בשנת 1951, הפך לרופא הראשי והמנהל של מחלקת הריאות של בית החולים בטפולצה. ב-26 באוקטובר1956 (המרד ההונגרי) הוקמה בעיר טפולצה מועצה מהפכנית והילינגר נבחר לנשיא שלה. כמה ימים לאחר מכן ב-4 בנובמבר 1956 פוטר מעבודתו ונעצר. הוא שוחרר לאחר מספר שבועות, אך נאסרה עליו הכניסה לעיר טפולצה. בשנת 1957, עבר עם משפחתו ל-Zalaszentgyörgy כרופא אזורי. בין 1957 לבין נובמבר 1959 הוא נכלא שוב וכל רכושו הוחרם. משפחתו עם שלושה ילדיהם היו על סף רעב. לאחר שחרורו, הפך לרופא בביהארוגרה. הוא פרש ב-1973. לאחר מכן עבר לבודפשט ועבד שוב כרופא מ-1977 עד 1983. ב-1989 הפך שוב לחבר במפלגה הסוציאל-דמוקרטית ההונגרית שהוקמה מחדש לאחר חילופי המשטר.