זיהוי חצרות שנוי במחלוקת. כיוון שחצרות הייתה תחנתם השנייה של בני ישראל לאחר הר סיני, שאלת זיהויה תלויה בזיהויו של הר סיני. התומכים במיקומו בג'בל מוסא מוצאים אותו בעין חֻצְ'רַה שבדרך מההר אל עציון גבר.[3] זיהוי זה נפסל על ידי חוקרים הטוענים כי באזור לא נמצאו ממצאים ארכאולוגיים מהתקופה המקובלת ליציאת מצרים.[4]ג'רוויס, שזיהה את הר סיני עם ג'בל חלאל, מזהה את חצרות עם חַצ'ירַה המצויה בחלקו הדרומי של ההר.[5][6] חצר בהקשר זה, היא יישוב קבע בניגוד למחנה נוודים, אך כזה שלא הגיע למעמד של עיר מוקפת חומה.[7]