בשנת 1966 שב לישראל והחל לעבוד כחוקר במחלקה לגנטיקה והשבחת צמחים באגף לגידולי שדה וגן במכון וולקני. עיקר מחקריו עסקו בלימוד התורשה של צמח הפלפל ובהשבחתו. הוא יצר סדרה של זני פלפל חדשים, ובמשך שנים הם היו זנים בלעדיים בשוק המקומי בישראל. כמו כן טיפח זנים ליצוא, וכן יצר זני מכלוא של פלפל, ששווקו בארצות הברית ובמקסיקו. כמו כן יצר זני מכלוא המיועדים למטרות נוי, במגוון צבעים וצורות. הזנים שפיתח עמידים למחלות ויראליות ופטרייתיות.
בשנות ה-70 פעל מטעם המרכז לשיתוף חקלאי בינלאומי כיועץ לענייני טיפוח ירקות במקסיקו וברומניה.
במשך מספר שנים היה חבר הנהלת מינהל המחקר החקלאי.
פרסם עשרות מאמרים בתחומי מחקריו. כמו כן פרסם שני ספרים העוסקים בהשבחת צמחים והשבחת הפלפל.
משפחתו
נשוי לאורה שיפריס ואב לארבעה. בנו הוא ההיסטוריון נתן שיפריס. בשנות ה-90 חן, אורה ונתן שיפריס השתתפו בגל המחאה על פרשת ילדי תימן שעורר הרב עוזי משולם.
