המלחמה הסתיימה בניצחון צרפתי ובחתימה על חוזי שלום שלא החזיקו מעמד זמן רב. בהפוגה בין המלחמות ביסס נפוליאון את שליטתו בצרפת, פעל לכינונה של חוקה חדשה וביצע רפורמות בצבא.
רקע
אחרי חתימה על הסכם קמפו פורמיו בשנת 1797 שסיים את המלחמה בין האימפריה הרומית הקדושה לצרפת עברו על אירופה כמה שנות שקט. צרפת נכנסה למערבולת פוליטית פנימית, נפוליון יצא למערכה הצרפתית במצרים ובארץ ישראל ורק האימפריה הבריטית (שלא היו לה כוחות יבשתיים משמעותיים) נותרה במצב מלחמה עם צרפת.
כינון הקואליציה ופריצת המלחמה
בקיץ 1798 יצא נפוליאון למסע למצרים ובזמן היעדרותו מהומות בשווייץ הובילו להתערבות צרפתית נגד הקונפדרציה השווייצרית הישנה. אחרי שהממשלה השווייצרית בברן הופלה על ידי מהפכנים, פלש הצבא הצרפתי למדינה מתוך מטרה מוצהרת של תמיכה במהפכנים.
המערכה ב-1799
את הצבא הרוסי באיטליה הנהיג המצביא המהולל אלכסנדר סובורוב. הוא הצליח לדחוק את הצבא הצרפתי מרוב אדמת איטליה תוך כדי הנחלת מספר תבוסות לגנרל ז'אן מורו, אך בהמשך נתקל בבעיות אספקה שלא איפשרו את המשך שהותו באיטליה ולכן נסוג דרך האלפים.
באותה עת היה קורסקוב בתנועה במטרה לחבור לסובורוב, אך מסנה הדביק אותו וניצחו בקרב ציריך השני. סובורוב עזב את המערכה, מה שהביא לפרישת רוסיה מהקואליציה זמן קצר לאחר מכן.
המערכה ב-1800
נפוליאון בונפרטה חזר ממצרים, ביצע הפיכה ונטל את השלטון. הוא שלח את מורו לגרמניה ובעצמו תפס את הפיקוד על הכוחות באיטליה ובאלפים.
עיקר המערכה הייתה נגד האוסטרים, להם היו שני צבאות: 100,000 באיטליה תחת מלאס צרים על ג'נובה ו-120,000 על הריין. כוחו של נפוליאון: 120,000 בפיקוד מורו 40,000 נצורים בג'נובה על ידי האוסטרים ו-50,000 בעתודה בעיר דיז'ון.
נפוליאון רצה לבצע תנועת איגוף נגד הצבא האוסטרי על הריין אך לא הוציא את התוכנית לפועל בשל יחסיו הרעועים עם מורו אשר בלעדיו האיגוף לא התאפשר. במקום זאת הוא ריכז את מאמציו באיטליה, לשם לקח את כוחות העתודה מדיז'ון. הוא כבש את מילאנו ועל ידי כך איים על נתיב האספקה של מלאס. הוא התבצר וחיכה שמלאס ינסה לחדש את נתיב האספקה ויבוא להתעמת איתו.
מסנה לא הצליח להחזיק מעמד בג'נובה והוא השיג הסכם לפינוי מרצון חזרה לצרפת. נפוליאון התקדם במהירות לעבר הכוח האוסטרי לפני שזה הספיק לקבל אספקה ותגבורת מהצי הבריטי דרך ג'נובה, שכעת הייתה נטולת הגנה. שני הצבאות התנגשו בקרב מרנגו. בתחילה נראה שהכף נוטה לכיוון האוסטרים שמנצחים הודות לעדיפותם המספרית, אך בהמשך הצילה את המצב התקפת נגד צרפתית, שאותה הוביל גנרל לואי דסו. נפוליאון שאל את דסו בקשר לסיכויי הקרב וזה השיב לו: "את הקרב הזה הפסדנו, אך היום עוד ארוך ויש זמן להתחיל קרב חדש" ויצא להוביל את המתקפה. האוסטרים הפסידו בקרב וצבאם עזב את צפון איטליה. מורו הביס את צבאות אוסטריה על הריין וצעד לעבר וינה מצפון, בעוד נפוליאון צועד אליה מדרום. האוסטרים איבדו תקווה והחלו משא ומתן על הסכם שלום.