בדצמבר 2005 נחתם הסכם לשיתוף פעולה בין הסהר האדום הפלסטיני לבין ארגון מגן דוד אדום הישראלי. ההסכם מאפשר לסהר האדום הפלסטיני להיעזר בשירותי הארגון הישראלי, שציודו מתקדם יותר, ומסדיר טוב יותר את מעבר האמבולנסים של הסהר האדום בתקופות של מתיחות ביטחונית.
ארגוני הטרור עושים שימוש באמבולנסים ובתיעוד של הסהר האדום הפלסטיני להברחת מבוקשים ואמצעי חבלה ולביצוע פעולות טרור. כמו כן, אותרו מקרים של שימוש בתיעוד רפואי, בגדי רופאים ואף גיוס הרופאים עצמם כמסייעים לפעולות טרור. הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני פרסם פוסטרים בהם הוא מתגאה בביצוע פיגוע טרור באמצעות אמבולנס עמוס חומרי נפץ.
ב-27 במרץ2002 עצר מחסום צה"ל דרומית לרמאללה אמבולנס לטיפול נמרץ. מתחת לאלונקה עליה שכב ילד חולה התגלו חגורת נפץ ומטעני חבלה. הנהג, אסלאם ג'בריל, מבוקש תנזים, עבד בסהר האדום הפלסטיני כנהג אמבולנס, והודה בחקירתו כי אמצעי הלחימה יועדו להימסר לפעילי התנזים ברמאללה. ביוני 2002 נעצר ד"ר אמג'ד עזת חסן מצטפא, רופא בבית החולים בג'נין, אשר גויס על ידי החמאס בג'נין כמבריח מחבלים מתאבדים לישראל. ב-2002 נעצר פעיל תנזים מרמאללה שהודה בחקירתו כי עסק בהברחות אמצעי לחימה באמצעות אמבולנסים. במרץ 2002 עשו מבוקשים חמושים ברמאללה שימוש באמבולנסים לשם מעבר ממקום למקום. המבוקשים לבשו בגדי רופאים וחלקם אף נהגו להסתתר במחלקות השונות בבתי החולים בעיר.[2][3]
במרץ 2012 נעצרו מספר עובדים בארגון בחשד לביצוע פיגוע ירי לעבר כוחות צה"ל.[4]