ב-1 במאי1903 הגבעה נרכשה על ידי הכנסייה הרוסית, מתוך כוונה לבנות במקום בית הארחה לצליינים רוסים שעשו את דרכם מירושלים ובית לחם לחברון (בעיקר לאלוני ממרא), סמוך לח'אן שפעל בקרבת מקום עוד לפני כן. תחילה, לא איפשרו השלטונות העות'מאניים והתושבים המוסלמים בסביבה לבנות בשטח, אך ב-1904 הוחל בבניית מתחם הארחה ומנזר בעבור הנזירים שהחזיקו את המקום, על חורבות הכנסייה הביזנטית. המתחם כלל מבנה גדול ושלושה ביתנים קטנים, ונועד להכיל כאלף איש. מסביבם טיפחו המאמינים ובראשם מנהל האתר הנזיר לאזאר (1852–1932)[4] אחוזת עצי פרי פורייה. לאזאר גם הרחיב את מערכת המערות כדי להקים מספר כנסיות ותאים מגורים לנזירים. בניית המנזר ובית ההארחה נסתיימה בשנים 1913–1914.
עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה, הוכרחו כל הנתינים הרוסית לעזוב את שטחי האימפריה העות'מאנית, והמנזר נעזב, אך בניגוד לנכסים אחרים של הכנסייה הרוסית, הוא לא נתפס על ידי השלטונות ונשאר בידי הכנסייה.
במהלך פרעות תרפ"ט, מצאו מקלט במנזר תושבי היישוב העברי הסמוך מגדל עדר (שננטש וחרב בפרעות)[5], שם הגנו עליהם ערבים תושבי בית אומר.
בשנים 1932–1936 רכשה חברת "אל ההר" של שמואל צבי הולצמן שטחים בסמיכות להר הרוסי. הולצמן השיג את אישורו של מושל ירושלים ג'יימס אדוארד פרנסיס קמפבל, ושל ראש הכמרים בכנסייה הרוסית, לחכור את המנזר ב-1934. קבוצת פועלים יהודים הגיעה למנזר והשתכנה בו, בעת שהכשירו את הקרקע לעליית קיבוץ כפר עציון לקרקע. אנשי "אל ההר" גם טיפחו את גן עצי הפרי ששתלו הרוסים במקום, והקימו בו משתלה. הקבוצה נטשה את המנזר במהלך מאורעות תרצ"ו - תרצ"ט, וב-1938 פעלו בו חיילים בריטים.
מפקד גוש עציון במלחמת העצמאות, עוזי נרקיס, חכר את המנזר וסביבותיו מהכנסייה הרוסית בירושלים, ולאחר מכן כבש את המקום והקים בו משלט[7]. המשלט חלש על כביש ירושלים-חברון, על כביש הגישה אל הגוש ועל עמק ברכה, ולכן היה בעל חשיבות עליונה בעבור מגיני הגוש, והוא היווה חלק משרשרת משלטים שנועדה לשמור על הגוש (ראו מפה). את הפיקוד על המשלט קיבל במרץ1948 איש החי"ש המשורר צבי בן יוסף, שאף כתב שיר על המנזר[8]. המשלט הפך בסיס להתקפות על כלי רכב ערביים שנעו בכביש הראשי.
ב-12 באפריל1948, בעקבות תקיפה של לוחמים גוש עציון על כלי רכב ערביים בכביש ירושלים חברון, פתח הלגיון הירדני בהפגזה ובהתקפה על המנזר הרוסי, ולוחמים כפריים מהאזור ניסו להסתער על המנזר, אך נהדפו.
קרב 4 במאי
הקרב המשמעותי הראשון על המנזר וסביבתו אירע בכ"ה בניסן, 4 במאי, כתגובה על ירי יהודי לעבר תחבורה ערבית בציר ירושלים-חברון. עם שחר הופגז המתחם באש תותחים ומשוריינים (של הצבא הבריטי[9]) שאליהם הצטרפו המוני כפריים מהסביבה, בשיתוף פעולה של הבריטים שטענו כי ברצונם להבטיח תנועה חופשית לירושלים לכשיעזבו. לאחר שעות של לחימה עיקשת, עלה בידי התוקפים לכבוש את המנזר, אך עם רדת הערב שבו כוחות ההגנה והשתלטו על המנזר. בסיכומו של הקרב נמנו לכוחות המגן 12 חללים, עשרה מתוכם בגזרת המנזר, וכ-25 פצועים. על פי דיווחים בעיתונות העברית, לערבים נמנו 30 הרוגים ו-50 פצועים[9].
בהספד לחללי הקרב טבע מפקד גוש עציון, משה זילברשמידט ("מוש"), את הסיסמה שליוותה את המגינים בגוש, "תשובתנו נחושה נצח ירושלים!"[10].
קרב 12 במאי
ב-12 במאי, (ג' באיירה'תש"ח), הגיע מכיוון מזרח טור משוריינים ירדניים. באותו הזמן, כוחות ההגנה בגוש הנצור היו דלים ומותשים, וסבלו ממחסור חמור באספקה ותחמושת. המנזר הרוסי היה המשלט הראשון שקידם את פני התוקפים, והתנהל בו קרב עקוב מדם. מפקד הגוש, "מוש", הגיע בעצמו להשתתף בהגנה על המנזר, והוא זה שהורה ללוחמים לסגת מהמנזר לכיוון כפר עציון. במהלך הקרב והנסיגה נהרגו 19 לוחמים, בהם "מוש" ומפקד המשלט צבי בן יוסף. נפילת המשלט פתחה את הפתח לנפילתו של כל הגוש ביום המחרת.
לאחר המלחמה
לאחר המלחמה ערכה משלחת בראשות הרב הראשי לצה"ל שלמה גורן מבצע לליקוט עצמות חללי המלחמה שנשארו מעבר לקווי האויב, ובהם החללים במנזר הרוסי[11].
הירדנים הרסו את המנזר לחלוטין, והקימו במקום בסיס צבאי.
כיום
כיום, נמצאים במקום שרידי מערות ששימשו למגורי הנזירים ושרידים ספורים נוספים. לאחר מלחמת ששת הימים הוקמה במקום אנדרטה לזכר הלוחמים שנפלו במנזר ובסביבותיו[12].
הבסיס הצבאי הירדני הפך להיות משכנה של חטיבת עציון ומפקדת התיאום והקישור של בית לחם. את האדמות החקלאיות מכרה הכנסייה לקרן קיימת לישראל, והיום הן משמשות את כרמי קיבוץ כפר עציון.
