הכהן הגדול השומרוני משמש ככהן גדול של קהילת השומרונים וכמנהיגה הדתי הבכיר. מתוקף תפקידו הוא מתגורר בהר גריזים.
כהן גדול נבחר לאחר מותו של כהן גדול קודם, מתוך בני משפחת הכהונה ובהתאם לגילו. לפי ההיסטוריה הרשמית של השומרונים, משרת הכהן הגדול החלה עם אהרן, הכהן הראשון, אחיו של משה, ולא פסקה מאז, אולם היסטוריונים רבים מפקפקים בתפיסה זו. על פי המסורת השומרונית הכהונה עברה בירושה לאלעזר ואחריו לפינחס בנו, ומאז הכהונה עברה מדור לדור בירושה לצאצאיו. בשנת 1624 פקד שבר גדול את הקהילה השומרונית כאשר הנצר האחרון מגזע בני פינחס בן אלעזר בן אהרון, הכהן הגדול, שלמה בן פנחס, מת. תחתיו כיהן צדקה בן טביה ומאז, במשך כ־400 שנה, הכהנים הגדולים הם ממשפחתו. צדקה בן טביה היה מבני שבט לוי מזרע עוזיאל בן קהת, דוֹד משה רבנו, ולכן למעשה הכהנים הגדולים כיום אינם מזרע אהרון. אך לאחר כמה דורות החלו הכהנים הגדולים לטעון שגם הם מזרע אהרון רק לא מזרע פינחס בן אלעזר בן אהרן אלא מבני איתמר בן אהרן. טענה זו מסתמכת על כך שטביה בן יצחק הכהן הגדול מהמאה ה-18 באחד מהפיוטים שכתב מיחס את משפחתו לעבד אלה בן שלמה מגדולי חכמי השומרונים בן המאה ה-14 שהיה כהן ממשפחת איתמר. גרסה זו היא הגרסה המקובלת היום על השומרונים וכך היא מסורתם.[1] לפי הספירה השומרונית מונו מאז אהרן 133 כהנים גדולים. ככל הנראה כבר בתקופה ההלניסטית[דרוש מקור] עמד כהן גדול בראש השומרונים, מה שעושה אותה לאחת המשרות המתפקדות העתיקות בעולם.
כיום הכהן הגדול הוא עובדיה כהן בן וואסף כהן, הכהן ה-133 המחזיק במשרה.
^המקור: ספר השומרונים בעריכת אפרים שטרן וחנה אשל. יצחק בן צבי בספר השומרונים (הוצאה מחודשת תשל"ו) מביא שמשנת 1624 הכהנים הגדולים הם מזרע עוזיאל הלוי אבל ארץ ישראל ויישובה בימי השלטון העותמאני (ירושלים 1955 עמ' 427) מביא את שתי הגרסאות