הפאונה של אקוודור כוללת מגוון מינים של בעלי חיים ממוצא נאוטרופי בעלת מגוון ביולוגי רחב ביותר, כתוצאה ממספר גורמים מייצבים כמו הרי האנדים, השפעת זרמי האוקיינוסים, הטמפרטורה היציבה ומספר בתי הגידול הגדולים, ביניהם גם יער האמזונאס. מסביב לאקוודור ישנם אוכלוסיות של בעלי חיים אנדמיים, ביניהם גם באיי גלאפגוס.

אזורי הגידול באקוודור משתנים בין חוף האוקיינוס השקט הנוטה להיות מדברי במקצת, לעבר הרי האנדים הגבוהים והקרים ובמרכז מישורים ויערות גשם טרופיים באגן האמזונאס ולאורך הקצה הדרומי ישנם גם נהרות רחבים הזורמים לאורך פרו. לאורך אקוודור ישנם הרי געש, ביצות, כרי דשא ויערות ממוזגים. באיי גלאפגוס הנוף העיקרי הוא חופים והרי געש ולעיתים גם מדבריות או יערות.

אף שלא נספרו כולם (תועדו מעל 15 אלף מינים) ישנם כנראה כ-300 אלף מינים שונים של חרקים, כאשר רובם הגדול מצוי ביער האמזונאס העצום. לפי מחקר מ-2008 של "Pontifical Catholic University of Ecuador" נרשמו בקפידה מספר רב של מיני חרקים, ביניהם מעל 8,305 מיני חיפושיות, 3,598 פרפרים, 1,283 דבוראים ו- 1,805 מיני זבובאים. בנוסף ישנו מגוון גדול של מיני עכבישאים שונים ושל רכיכות ביער ובחופים.

בנהרות ובביצות ישנם דגים מקריני סנפיר שונים וגם טריגוני נהרות ורבים מהם אנדמיים לה, ביניהם חריתאים, שפמנונאים, גרום-לשונאים וגמבוזאים שונים. דגים רבים חיים לאורך החופים, סמוך לזרמים קרים וכן לחופי גלאפגוס.

באקוודור יש ריכוז רחב ביותר של דו-חיים שמרביתם צפרדעים, למעשה השלישי בגודלו, עם מעל 635 מינים מוכרים, 304 מתוכם אנדמיים למדינה. עם זאת 57% מהם (363 מינים) מצויים בסכנת הכחדה. בני הסוג Pristimantis מפגינים אנדמיות גבוהה מאוד, כשהם חיים בעיקר למורדות האנדים.

גם מבין הזוחלים ישנה כמות רבה של מינים - 497 ואלה כוללים 35 מיני צבים, 5 תנינאים (תנין אמריקאי וקיימנים), 206 לטאות, 248 נחשים ו-3 טבעונים. מינים רבים של זוחלים מצויים לאורך הביצות ויערות הגשם, בהם הם נפוצים הכי הרבה וחלקם כמו כמה נחשים נפוצים גם בקרבת יישובים. במספר אזורים מצויים גם זוחלים ימיים רבים. באיי גלאפגוס ישנם מגוון זוחלים אנדמיים וכך גם ביערות.

כמות העופות באקוודור היא הרביעית באמריקה הדרומית ובה 1,691 מינים, 41 מהם אנדמיים. בנוסף ישנם 354 מינים הנתונים בסכנת הכחדה, 3 מהם במצב קריטי. רבים מהעופות הם שוכני יער או ביצה, אך גם לצד החופים וחלקם נודדים מעליה ועוצרים רק למנוחה קצרה. בין השאר נצפים באקוודור מינים של פסיוניים, עגוראים שונים, דורסי לילה ודורסי יום גדולים כמו הרפיה, קוליבריים, נקראים, טרוגונאים ותוכאים שונים. יש בה גם מגוון ציפורי שיר כמו הטנגריים, טירניים, קוטינגיים, מנקיניים ועוד.

מבין היונקים ישנם באקוודור457 מינים של יונקים, מתוכם 53 נחשבים אנדמיים וחלקם מצויים בסכנת הכחדה. בין השאר ישנם 126 מיני מכרסמים, 178 עטלפים, 40 מכפילי פרסה, 36 טורפים ו-22 פרימטים, שכולם מצויים בסיכון בטבע. מרבית היונקים הם שוכני יערות גשם א גם סביב האנדים. ישנם גם 17 מיני יונקים פולשים באקוודור.

בין השאר נראים בה יונקים טורפים כמו היגואר ועוד חתוליים, דוב המשקפיים, כלביים, סמוריים וראקוניים שונים ובגלאפגוס גם טורפים ימיים. ישנם פרימטים מקבוצת קופים רחבי אף כמו קוף העכביש, הקפוצ'ין והשאגן וכן מגוון חיות יער כמו טפיריים, פקאריים, עצלניים, ארמדילאים, אופוסומים, סמרניים, קביתיים וסנאיים שונים.

באיי גלאפגוס, ארכיפלג וולקני הנמצא באוקיינוס השקט 972 ק"מ מערבית לאקוודור ישנו מגוון אנדמי מפתיע, אשר היווה השראה עבור החוקר צ'ארלס דרווין במחקריו על האבולוציה, דבר שהודגם עקב בידודם של המינים היבשתיים בו, כאשר מעל 80% מהם אינם נמצאים במקום אחר. חלקם אף נדירים סביב קו המשווה ומצויים רק עקב זרם הומבולדט הקריר סביבם.

בין השאר מצויים באיים נחילים גדולים של סרטנים אדומים, 2 טורפים ימיים: אריה ים גלאפגוס ודוב ים גלאפגוס, מספר קטן של יונקים אנדמיים, מרביתם מכרסמים וכן זוחלים אנדמיים שהבולטים מביניהם הם צבי גלאפגוס הענקיים, איגואנת הים – לטאת הים היחידה בעולם, לטאת לבה, לטאת לבה וזעמן גלאפגוס וכן צבי ים. כמו כן ישנם מגוון גדול של עופות שונים, ביניהם 2 שאינם מעופפים: פינגווין גלאפגוס וקורמורן גלאפגוס, שניהם מצויים בסכנת הכחדה. בין האיים נפוצים מגוון עופות ימיים שחלקם נודדים במיוחד לגלאפגוס בשביל לקנן ביניהם אנפתיים, שחפיים שונים, שקנאי חום, פלמינגו אמריקני, מספר ברווזיים, אלבטרוס גלאפגוס ויסעוראים אחרים ועופות גדה שונות. באי ישנם גם עופות יבשתיים שהבולטים ביניהם הם פרושי דרווין האנדמיים לאי וכן חקייניים, עקב גלאפגוס, הורמיליון ועוד.

גם בים ישנו מגוון גדול של בעלי חיים, ביניהם מין חדש של חכאי עטלף, להקות דגים כמו סרדיניים ומגוון מינים של כרישים כמו פטישניים וכריש גלאפגוס, בטאים, מספר לווייתנאים ומגוון חיות ים. במעמקים ישנם ארובות חמות, המצויה במעשנות הידרותרמיות בקרקעית. עם זאת כיום מרבית המינים האנדמיים מצויים בסכנת הכחדה, בעיקר עקב הגעת האדם לאיים ועקב ציד מופרז וכן עקב הבאת מינים פולשים חדשים לאיים.

• פאונה של איי גלאפגוס
• הפאונה של אקוודור באתר fauna-flora (באנגלית)
• הפאונה של אקוודור באתר frommers (באנגלית)

מדיה וקבצים בנושא החי באקוודור בוויקישיתוף