בשובו לפולין, הפך לקאנון של קרקוב ולכומר הקהילה של קשזנוביצה דולנה (אנ') וטוצ'אמפיי (אנ'). הוא היה פעיל בוועדת החינוך הלאומי (אנ') ובחברה לספרים בסיסיים (אנ'), שם היה לו חלק חשוב בפיתוח רשת בתי הספר הארצית. הוא שהה שנתיים בוורשה, אך חזר לקרקוב, שם ביצע רפורמה באקדמיה של קרקוב, שבה ישב בהנהלתה משנת 1777, ושהיה הרקטור שלה בשנים 1783–1786. הרפורמה באקדמיה הייתה מהותית מאוד. היא קבעה סטנדרטים חדשניים. במיוחד החלפת השפה הלטינית שעד אז שימשה להרצאות, בשפה הפולנית. החלפת הלטינית לטובת שפה לאומית בהשכלה גבוהה הייתה אז עדיין נדירה באירופה. הרפורמה התבררה ככל כך שנויה במחלוקת עד שאויביו הפוליטיים זממו בהצלחה להרחיקו באופן זמני מקרקוב ב-1781, בטענת שחיתות וחוסר מוסר.
הרפורמות של הסיים הגדול
קובונטיי היה פעיל גם מבחינה פוליטית. בשנת 1786 הוא קיבל את תפקיד הנציג לבקשות מהאפיפיור בליטא, ועבר לוורשה. הוא הפך לבולט בתנועת הרפורמה (אנ'), ועמד בראש קבוצה בלתי רשמית שהייתה באגף הרדיקלי של המפלגה הפטריוטית (אנ'), שתויוגו על ידי אויביהם הפוליטיים כ"הסדנה של קובונטיי (אנ')". כמנהיג המפלגה הפטריוטית בתקופת הסיים הגדול, הוא קבע את מצעה במכתביו לסטניסלב מאלאצ'ובסקי (אנ') (1788–1789), שהתפרסמו ב"כמה מכתבים אנונימיים" (Anonima listów kilka), ובחיבורו "החוק המדיני של האומה הפולנית" (Prawo polityczne narodu polskiego , 1790). בכתביו הוא דגל ברפורמה חוקתית בעלת גוון רפובליקני ובצורך ברפורמות חברתיות אחרות. בין המטרות שאליהן חתר היו חיזוק מעמדו החוקתי של המלך, צבא לאומי גדול יותר, ביטול הליברום וטו, הנהגת מיסוי אוניברסלי ואמנציפציה של תושבי העיר והאיכרים כאחד. כמארגן של תנועת תושבי העיר, הוא ערך טקסט שדרש רפורמה ואשר נמסר למלך במהלך התהלוכה השחורה (אנ') של 1789.
בגלות, דעותיו הפוליטיות הפכו קיצוניות יותר והוא היה מעורב בהכנה למרד. ב-1794 הוא השתתף במרד קושצ'ושקו(Kościuszko Uprising), ותרם לחוק המרד שלו ב-24 במרץ 1794 ולמניפסט פולנייץ' (אנ') ב-7 במאי 1794. הוא עמד בראש מחלקת האוצר של המועצה הלאומית העליונה, ותמך באגף המרד של היעקובינים הפולנים (אנ'). לאחר דיכוי המרד באותה שנה, נכלא קובונטיי על ידי האוסטרים עד 1802. בשנת 1805 הוא ארגן עם תדיאוש צ'צקי (אנ'), את בית הספר התיכון הליציאום של קשמיניץ (אנ') בווהלין. בשנת 1807, לאחר הקמת דוכסות ורשה, הוא היה מעורב בתחילה בממשלתה, אך עד מהרה הודר ממנה בגלל תככים של יריבים פוליטיים, וזמן קצר לאחר מכן, נאסר ונכלא על ידי השלטונות הרוסיים עד 1808. עם שחרורו נאסר עליו להתמנות לתפקיד ציבורי. למרות זאת הוא ביקש להציג תוכנית לבנייה מחדש ופיתוח של פולין ב"הערותיו על העמדה הנוכחית של אותו חלק של ארצות פולין, שמאז חוזה טילזיט, נקראו דוכסות ורשה", (Uwagi nad tą częścią ziemi polskiej, którą od Traktatu Tylżyckiego zwać poczęto Księstwem Warszawskim, 1809). בשנת 1809 הצטרף כחבר לחברת ורשה של רעי הלימוד (אנ'). בשנים 1809–1810 הוא שוב היה מעורב באקדמיה של קרקוב, והשיב אותה לפולנית מצורתה הגרמנית הזמנית.
בספרו "הסדר הפיזי-מוסרי" (Porządek fizyczno-moralny, 1811), שאף קובונטיי ליצור מערכת סוציו-אתית המדגישה את השוויון של כל האנשים, המבוססת על הרעיון הפיזיוקרטי של "סדר פיזי-מוסרי".[6] כבעל ידע רב במדעי הטבע, הגאולוגיה והמינרלוגיה בפרט, הוא המשיך לכתוב "ניתוח ביקורתי של עקרונות היסטוריים בנוגע למקורות האנושות" (Rozbiór krytyczny zasad historii o początkach rodu ludzkiego, czyli racjonalistycznie pojęty wstęp do historii), שפורסם לאחר מותו ב-1842. בעבודה זו הוא העלה לראשונה את רעיונות של אבולוציה חברתית המבוססת על מושגים גאולוגיים. עבודה זו נתפסת גם כתרומה חשובה לאנתרופולוגיה תרבותית. ב"מצב הנאורות בפולין בשנים האחרונות לשלטון אוגוסטוס השלישי" (Stan oświecenia w Polsce w ostatnich latach panowania Augusta III), שפורסם לאחר מותו ב-1841, הוא טען נגד השליטה של הישועים בחינוך והציג מחקר על תולדות החינוך.
הוא מת ב-28 בפברואר 1812, "נשכח ונטוש" על ידי בני דורו. הוא נקבר בבית הקברות פובונזקי.
מורשת
על אף מותו כאדם בודד, היווה קובונטיי השראה על רפורמטורים רבים שלאחר מכן, והוא מוכר כיום כאחת מדמויות המפתח של עידן הנאורות בפולין (אנ'), ו"אחד מגדולי המוחות של תקופתו". הוא אחת הדמויות שהונצחו בציורו של יאן מטייקו משנת 1891, "החוקה מ-3 במאי 1791".
כמה מוסדות לימודים בפולין נקראים לכבודו של הוגו קובונטיי, כולל האוניברסיטה החקלאית של קרקוב (אנ') שהוא היה מייסד שותף שלה ופטרונה.
היחס ליהודים
ב-1792 מונה קובנטיי לעמוד בראש "ועדת הסיים לענייני היהודים" שמטרתה הייתה להמליץ על המדיניות כלפי היהודים. הרעיונות שהועלו בוועדה, כולל אלו שהיו מקובלות על קובנטיי, שיקפו את השנאה העמוקה ליהודים, לדתם ולאורחות חייהם, יחד עם רעיונות של תקופת הנאורות ועקרון השוויון. הרעיונות שהוצעו בוועדה לא יצאו לפועל.[7]