בינואר 2016 זכתה דן בדרום במכרז להפעלת אשכול באר שבע עירוני אך הוחלט להקים חברה נפרדת אשר תפעיל את הקווים הפנימיים בבאר שבע. דן באר שבע החלה את פעילותה ב-25 בנובמבר 2016.
באוקטובר 2021 נפרץ אתר החברה באירוע סייבר איראני והושבת לחלוטין, האתר חזר לאוויר בנובמבר 2021 כאשר אתר דן בדרום ודן באר שבע מוזגו לאתר אחד. במהלך התקיפה היה חשש כי יודלפו פרטים ממאגר המידע של החברה כפי שדלף מחברת קווים באותו אירוע סייבר.
צי החברה
צי החברה כולל 194 אוטובוסים עירוניים, רובם בהרכבה סינית. ומספר אוטובוסים בהרכבה ישראלית.
הצי כלל בעבר גם מספר של אוטובוסים בהרכבה ישראלית ששימשו בעבר את חברת מטרודן. אוטובוסים אלו יצאו משימוש בשנת 2019, עם הכנסתם של אוטובוסים חדשים בהרכבה סינית לשירות.
בתחילת 2021 הוכנסו לשירות 31 אוטובוסים חדשים, בהרכבה סינית מתוצרת הייגר, מונעים בגז טבעי.
בסוף 2021 נכנסו לפעילות 15 אוטובוסים מפרקיים תוצרת חברת סולאריס הפולנית.
בסביבות יולי 2022 נכנס לפעילות הייגר גט"ד נמוך רצפה.
בתחילת מאי 2024 לשירות הייגר חשמלי מפרקי ההרכבה מקומית: מרכב אפסילון E ההארגז.
בתחילת יוני נכנסים 35 אוטובוסים נמוכי רצפה חדשים מונעים בגז טבעי CNG.
מדי פעם נכנסים לשירות בבאר שבע אוטובוסים מחברת דן בדרום, זאת על מנת לא לפגוע ברצף הקווים העירוניים בבאר שבע.