הצרפתי פיליפ-ג'אן בונאו-וארילה היה הראשון שעיצב דגל עבור פנמה. הדגל התבסס על דגל ארצות הברית, כאשר במקום פסים אדומים ולבנים, בחר בונאו-וארילה בפסים אדומים וצהובים על מנת לסמל את הקשר בין פנמה לספרד וקולומביה שבדגליהם צבעים אלה. וארילה החליף את הכוכבים בקנטון הדגל (הרביע העליון הקרוב לניצב) בשתי שמשות מחוברות המסמלות את יבשת צפון אמריקה ויבשת דרום אמריקה המתחברות בפנמה. מועצת המהפכה של פנמה דחתה את ההצעה מאחר שוארילה היה תושב זר, והעדיפה את הצעת מאריה אוסה דה אמאדור - דגל פנמה כיום.
תיאור הדגל
הכחול והאדום מסמלים את המפלגות הקונסרבטיבית והליברלית בהתאמה. הלבן מסמל את השלום. הכוכב הכחול מסמל את הטוהר והיושר של החיים במדינה. הכוכב האדום מסמל את הרשויות והחוק במדינה.