על פי פרסומים לא-מצריים, חוסני מובארכ ייעד את גמאל לרשת אותו בתפקיד נשיא מצרים. במסגרת זו מונה גמאל ב-2002 לכהן כראש הוועדה הפוליטית של המפלגה השלטת במצרים, ונחשב לאדם השלישי בכוחו במפלגה. לשם חיזוק נוסף במעמדו, הועברו במרץ2007 שלושים וארבעה תיקונים בחוקה המצרית אשר יאפשרו את העברת השלטון מהאב לבנו במדינה שבאופן רשמי היא רפובליקה. צורת שלטון זו כונתה גומלוכיה וזכתה למחאות עם הקמת תנועת כפאייה. היו שטענו כי ארצות הברית תמכה בצעדים אלו כי הייתה מעוניינת לראות את מובראכ הבן מחליף בנשיאות את אביו, כיוון שהיה אלטרנטיבה מתונה יחסית לתנועות האופוזיציה המוסלמיות במצרים.
באפריל 2011, האשים אותו משרד התובע הכללי המצרי בשחיתות והוא נעצר, יחד עם אביו ואחיו עלאא[2] והועמד לדין על עבירות שחיתות. ביוני 2012 הסתיים משפטו בזיכוי מחמת התיישנות, אך בתחילת 2013 הורה בית המשפט לבטל את הזיכוי ולהעמידו למשפט חוזר[3] הוא שוחרר מהכלא בינואר 2015.[4]
בספטמבר 2018, גמאל נעצר יחד עם אחיו עלאא והואשם בביצוע מניפולציה בבורסה.[5] השניים זוכו מאשמת המסחר הבלתי חוקי במניות בפברואר 2020.[6]
ב-12 במרץ 2021 ביטל האיחוד האירופי את הסנקציות שהוטלו ב-2011 נגד תשעה אזרחים מצריים, כולל בני משפחת מובארק.[7]
