מינואר 1987 ציפר עורך את המדור "תרבות וספרות" בגיליון יום שישי של העיתון "הארץ", ומפרסם בו לעיתים קרובות גם טור אישי. בשנת 2004 החל לכתוב ב"הארץ" גם את הטור "הטלוויזיה של השבוע" (במקומו של יורם ברונובסקי שהלך לעולמו), העוסק בתרבות הטלוויזיונית הישראלית.
משנת 2005 החל לפרסם בלוג באתר "הארץ", בשם "לא בבית ציפרנו". חלק מהרשימות בבלוג מבוססות על הטור "ציפרלנד" שפרסם בעיתון מדי יום שישי. הבלוג עורר תגובות רבות בשל התעסקותו הפרובוקטיבית והעוקצנית[3] בנושאים רגישים כמו השואה, גלותיות, הומוסקסואליות, הסכסוך הישראלי-פלסטיני, השוואה בין תרבות ארצות המערב ותרבות ארצות ערב ועוד. לדוגמה, בטור שכותרתו "המתים לפחות כבר לא יראו את ההתבהמות של ישראל" קישר ציפר בין סביאת מזון מהיר לבין חדירת כוחות צה"ל לרצועת עזה.[4]
את טורו בנושא הטקס הצבאי לציון יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, חתם בקריאה לחיילי צה"ל להיות נרפים וחלשים מכיוון שזוהי "הדרך היחידה להחזיר את ישראל למסלול הנכון".[5]
במחצית השנייה של שנות 2010 פנה ימינה בתפיסותיו הפוליטיות. בשנת 2015 יצא להגנתה של אשת ראש הממשלה, שרה נתניהו,[6] ובהמשך תיאר בהתפעלות את ביקורם של שרה ובנימין נתניהו בביתו.[7] העיתונאים גל אוחובסקי[8] וב. מיכאל[9] מתחו עקב כך ביקורת חריפה על ציפר. בשנים 2016–2017 ביטא בפומבי את אהדתו למתנחלים ואת זלזולו העמוק כלפי השמאל הישראלי.[10][11] תשע שנים לאחר שפרסם מאמר בו קרא לחסידי חב"ד שמניחים תפילין בכותל המערבי "ציידי נפשות" נצפה בשנת 2017 בני ציפר מניח תפילין בעמדת חב"ד בכותל המערבי בטענה "שיניתי את דעתי מאז. אני מניח תפילין מדי פעם, ובכל פעם שאני בא לכותל ומניח תפילין – הבקשות שלי מתקבלות. היום אני אדם מאמין מאוד בקיומו של הקב"ה".[12]
במרץ 2016 כתב בטורו ב"הארץ": "אמנים, מגתה ועד אייל גולן, מרחפים בתוך שיכרון אוויר הפסגות של העשייה האמנותית, אך מוכרחים גם לחוש באינטנסיביות את הדברים הנחשבים הכי נמוכים ויצריים בחיים, כגון משגלים עם מעריצות צעירות. בלעדי זה לא תהיה יצירה, עם כל הצער שעלול הדבר להסב לצעירות הללו, שחייהן אולי נפגעו",[13] ובכך עורר זעם בציבור.[14] בעקבות הסערה החליט עורך "הארץ" אלוף בן על הורדת טורו של ציפר.[15] ב-9 במרץ 2016 פרסם טור אחרון במדור "ציפרלנד", ובו התנצל על דבריו.[16] הביקורת על ציפר ועל "הארץ" נמשכה גם לאחר ההודעה על הורדת טורו של ציפר.[17][3]
סטודנטים במכללת ספיר התלוננו בפני ההנהלה על הערות גזעניות כביכול שכתב ציפר כנגד עדות המזרח. ההנהלה השיבה כי "דבריו של בני ציפר לא מתיישבים עם דעותינו, וגם אותנו הם מטרידים" אך לדבריה חופש הביטוי מתיר לו לאומרם.[18]
בשנת 2021 השתתף בעונה החמישית של תוכנית המציאות "בואו לאכול איתי", שם חשף בפני המשתתפים ששקל אורח חיים הומוסקסואלי בעברו, "יש הרבה אנשים שיש להם כל מיני מאוויים. בגיל הזה שמהססים אם אתה גיי או לא, החלטתי להיות סטרייט".[19]