בן-נפתלי פרסמה שורה ארוכה של מאמרים בישראל ומחוצה לה בנושאים הקשורים למשפט הבינלאומי ההומניטארי. ב-2005 ראה אור הספר "משפטים על אהבה" שערכה יחד עם חנה נוה. ב-2006 ראה אור הספר "המשפט הבינלאומי: בין מלחמה לשלום" שכתבה יחד עם פרופסור יובל שני.
לצד פעילותה האקדמית, פעילה בן-נפתלי בהתנדבות בארגוני החברה האזרחית, ובין היתר היא מכהנת כחברת הנהלה ב"בצלם".
בשנת 2012, ייסדה פרופ' בן-נפתלי את הקתדרה לזכויות אדם ע"ש אמיל זולא, אשר פועלת בבית הספר למשפטים ע"ש חיים שטריקס. הקתדרה עוסקת בזכויות האדם, ותורמת לקידום שיח זכויות האדם בישראל, הן דרך לימודי המשפטים והן באמצעות שיתופי פעולה אינטרדיסציפלינריים אחרים. בין היתר, בן-נפתלי, באמצעות הקתדרה, פתחה תואר שני במשפטים ששמו "תקנה" אשר מתרכז במשפטים ובזכויות אדם. נכון לשנות 2016 נפתחו שני מחזורים של התוכנית, שבמסגרתה נהנים 12 סטודנטים במלגת לימודים מלאה.
הקתדרה לזכויות אדם ע"ש אמיל זולא מפיקה את כתב העת המשפטי "'המשפט' ברשת: זכויות אדם", אותו עורכת בן-נפתלי. לכתב העת שני פורומים - האחד, הכולל טקסטים מארחים ועליהם מגיבים כותבים. השני, "מבזקי הארות פסיקה", שבמסגרתם מגיבים אנשי אקדמיה ופרקטיקה לפסקי דין העוסקים בזכויות אדם.
עמדותיה
במאמרה ‘We Must Not Make a Scarecrow of the Law’: A Legal Analysis of the Israeli Policy of Targeted Killings,[2] בן נפתלי מתנגדת לעמדת בג"ץ כי מדיניות הסיכולים הממוקדים איננה שפיטה. לדידה, פסיקת בית המשפט חורגת מההלכה המשפטית, ופוגעת בשלטון החוק במובנו המהותי. בן נפתלי מנתחת את מדיניות הסיכולים הממוקדים, ומסקנתה היא שבעוד שחלקם אכן מוצדקים משפטית, ישנם סיכולים ממוקדים שאינם מוצדקים ומהווים התנהגות מעוולת של המדינה, וחלקם אף עולים כדי פשע מלחמה. בן נפתלי מבצעת ניתוח של מדיניות הסיכולים הממוקדים של צה"ל בתחילת שנות ה-2000, ומגיעה למסקנה כי הגדרת הצבא את ה"מחבל" הראוי לחיסול מתרחבת אל מעבר לאוחזים בנשק, כאשר די בחברוּת בארגון צבאי או טרוריסטי, כסוג של סיוע לפעולה עוינת, כדי להצדיק התנקשות, כשמידת המעורבות הישירה של ההרוג בטרור אינה תמיד מובהקת. לדידה, גישה זו איפשרה לצבא להתנקש בחייהם של מנהיגים פוליטיים.
בן נפתלי מוסיפה כי מדיניות הסיכולים הממוקדים סובלת מבעיה דמוקרטית מובנית, שעה שהכללים החלים עליה סודיים ואינם חשופים לביקורת שיפוטית. לדידה, אין די בכך שהפרקליטות הצבאית בוחנת את מדיניות הסיכולים הממוקדים ומאשרת אותה, שכן מדובר במדיניות הוצאות להורג המבוססת על איסוף ראיות והפללת המחבל, ועל-כן יש מקום לאפשר בחינה של המדיניות, הן באמצעות ביקורת שיפוטיתו הן באמצעות ביקורת ציבורית, שאינה מתאפשרת נוכח חסיון הנהלים.
בן נפתלי מסכמת את עמדתה במענה לשאלה אימתי מותר למדינת ישראל לבצע סיכול ממוקד:
לוחמים (combatants) הם מטרות לגיטימיות אם כל האמצעים לשים יד עליהם נכשלים. פעולת מנע כלפי אינידבידואלים המהווים סכנה מידית לביטחון ישראל צריכה להיות בגדר אמצעי חריג ביותר, ולא מדיניות. על ישראל רובץ הכבד ביותר לבסס את הטענה שהאדם אשם במעשיו. מבלי ביקורת שיפוטית על הליך קבלת ההחלטות, האינדיבידואל מנושל מאמצעים להגן על עצמו ועל חפותו. נטל כבד זה צריך להגביל את יכולתה של ישראל להשתמש בכלי היכולים הממוקדים, ולהפחית באורח דרסטי את השכיחות שלהם. יש להגביל אפוא את האפשרות לביצוע סיכולים ממוקדים למקרים בהם יש הסתברות גבוה מאוד שהאינדיבידואל מהווה סכנה משמעותית לביטחון ישראל ואין דרך אחרת לסכל סכנה זו.
לא לוחמים (non-combatants) לא יהיו יעד לסיכול ממוקד. ככח כובש, ישראל מחזיקה ביכולת לעצור את החשוד וצריכה למצות את כל האמצעים שביכולתה לעשות. ככל שהדבר אינו מתאפשר, ישראל עודנה לא יכולה לבצע סיכול ממוקד, אפילו החשוד בדיוק חוזר מפעולה צבאית. חייהם של מי שהם חברים בהתארגנות צבאית פלסטינית אך אינם לוחמים בעצמם (כדוגמת ד"ר טבת) לא צריכים להיות מקופחים. ניתן להעמידם לדין על סיוע לכוח צבאי שאיפשר מתקפה על אזרחים ורכושם, אבל מכיוון שאלה אינם מהווים סכנה מידית לביטחון ישראל לא ניתן לבצע סיכול ממוקד שלהם.
כל פעולת סיכול ממוקד שמציבה סיכון לאזרחים צריכה לקחת בחשבון בשיקולי המידתיות גם את אחריות ישראל לחייהם ורכושם, בהיותם תושבים מוגנים. בהינתן שהשטחים הפלסטינים מיושבים בצפיפות, ושרוב המבצעים יכולים להתבצע רק באזורים אלה, רק נסיבות יוצאות דופן יכולות לאפשר ביצוע של פעולות שלא תהיה להן השפעות מזיקות משמעותיות. הדבר רלוונטי גם ביחס לדרכי הפעולה בהן נוקטת ישראל במבצעים אלה.
בן נפתלי מסיקה שבעוד שישנם סיכולים ממוקדים בנסיבות מסוימות שעומדות בתנאי הדין הבינלאומי, מדיניות בכללותה איננה.
