בשנת 2010 התמודדה קסטר לייצוג מחוז הקונגרס השני של ניו המפשייר בבית הנבחרים האמריקאי, אך הפסידה למועמד הרפובליקני צ'ארלס בס (אנ'). היו אלה בחירות למושבו הריק של פול הודס, שפרש מהקונגרס כדי להתמודד על מקום בסנאט של ארצות הברית. בס ניצח את קסטר ביחס של 47%–48% ובפער של 3,550 קולות בלבד[2]. בבחירות 2012 ניצבה קסטר מול בס פעם נוספת, והפעם גברה עליו כשגרפה 50.2% מהקולות, בעוד בס פיגר מאחור עם 45.3%[3]. עם התכנסות הקונגרס ה-113 של ארצות הברית קסטר הושבעה לתפקידה.
מאז 2013 היא מכהנת כנציגת המחוז בבית הנבחרים. ב-2023 קסטר חברה בוועדת האנרגיה והמסחר של הבית, שם היא מכהנת בוועדת המשנה לבריאות, בוועדת המשנה לאנרגיה ובוועדת המשנה לפיקוח וחקירות. היא משמשת גם כיו"ר משותף של כוח המשימה הדו-מפלגתי לסיום האלימות המינית (היא עצמה ניצולה של אלימות מינית).
ב-27 במרץ2024 הודיעה קסטר כי אין בכוונתה להתמודד לתקופת כהונה שביעית וכי תפרוש מהקונגרס בינואר 2025[4].
אנני ובעלה בראד, עורך דין סביבתי, מתגוררים בהווה בהופקינטון שם גידלו את שני בניהם, זאק וטרוויס[5].