ספרו של שירר מהווה עד היום בסיס להכרת תקופת הבית השני, יצא לאור בשלושה כרכים. ספרו הוא עיון ביקורתי ביהדות לענפיה השונים. הוא ניתח את ההיסטוריה, מפלגות, מוסדות, כיתות. הוא סוקר את הגאוגרפיה, היסטוריה וארכאולוגיה. שירר הניח כי הכרת היהדות חשובה להבנת הנצרות יוצאת חלציה.
המהדורה הראשונה שלו התפרסמה בשפה הגרמנית בשנים 1890-1886 ונקראה "Geschichte des judischen Volkes im Zeitalter Jesu Christi". המהדורה הרביעית בגרמנית יצאה בשנים 1909-1901 ויצאה לאור במהדורה מחודשת בשפה האנגלית תחת הכותר "The History of The Jewish People in the Age of Jesus Christ : (175 לפני הספירה עד 135 לספירה)", בעריכתם של גזה ורמש ומתיו בלאק, בין השנים 1987-1973. הספר תורגם ליידיש על ידי זליג קלמנוביץ', ונדפס בוילנא בשנות ה-20 של המאה ה-20; ספר זה הקנה לשירר תהילה והקנה לו שם של אחד מגדולי המלומדים הגרמנים בתקופתו; הספר טרם תורגם לעברית.
ספרים שכתב וכתב העת שהוציא
The history of the Jewish people in the age of Jesus Christ 135 B.C. 175 - A.D/ by Emil Schurer; a new English version, revised and edited by Geza Vermes & Fergus Millar. Edinburgh: Clark, 1973 - 1987[1]
Geshchichte des judischen Volkes im Zeitalter Jesu Christi/ Emil Schurer. imprint Hildsheim: G. Olms, 1970
The literature of the Jewish people in the time of Jesus. Edited with an introduction by Nahum N. Glatzer/ Emil Schurer. New York: Schocken Books, 1972
Geschichte des Judischen Volkes im Zeitalter Jesu Chirsti/ Emil Schurer. Hiddesheim: G. Olms, 1970
Die gemeindeverfassung der Juden in Rom in der Kaiserzeit: nach den inschriften dargestelit nebst 45 judischen inschriften/ von Emil Schurer. Leipzig: J.C. Hinrichs, 1879
De controversiis paschalibus secundo p.Chr.n. saeculo exostis: commentatio historica.../ Amelilius Schurer. Lipsiae: A. Lorentz, 1869
^ראו ביקורת מאת מנחם שטרן, "שירר, מהדורה אנגלית חדשה" (באנגלית), בתוך: מחקרים בתולדות ישראל בימי הבית השני, ירושלים: יד יצחק בן-צבי, תשנ"א-1991, עמ' 610–615.
