בשנת 2004, הצטרף גרין אל הבחירות המקדימות במפלגה הדמוקרטית לייצוג מחוז הקונגרס התשיעי של טקסס בבית הנבחרים של ארצות הברית. המחוז ה-9 נספר בעבר כמחוז הקונגרס ה-25, ויוצג על ידי כריס בל הדמוקרטי. חלוקה מחדש של מחוזות הקונגרס בטקסס ב-2003 הציבה את מושבו של בל בסכנה. על אף שהמחוז ה-25 המחוזר נותר מעוז דמוקרטי מובהק, היה בו אחוז גדול יותר משמעותית של אפרו-אמריקאים ולטינים מאשר במחוז ה-25 הישן, ש-65% מאוכלוסייתו היו לבנים. מבחינה דמוגרפית, מחוז הוקנגס התשיעי הורכב אז מ-175 לבנים, 37% אפרו-אמריקאים ו-335 לטינים. החלוקה המחודשת הותירה את בל הלבן נתון לבחירות מקדימות עיקשות מול מתמודד שחור או לטיני. לכן, ביום הבחירות המקדימות ב-9 במרץ גרין גבר על בל עם 66% מקולות הבוחרים בעוד בל נותר מאחור עם 31%. לאחר מכן גרין נבחר לקונגרס ביום הבחירות הכלליות.
עם היבחרו לקונגרס, הפגין גרין עמדות ליברליות מובהקות. הוא תומך בהפלות, ובאופן קבוע מתנגד לצעדים הקוראים להגביל הפלות. לראיה, ב-13 באוקטובר2011 הצביע גרין נגד תיקון לחוק הגנת החולה וטיפול בר השגה, שמנע מתוכניות ביטוח שנוצרו על ידי החוק לכסות הפלות[2]. הוא הצביע גם נגד שמונה הצעות חוק אחרות שהוצעו בבית הנבחרים, שלו היו נחקקות היו מונעות מהממשלה הפדרלית של ארצות הברית לשאת בעלויות ההפלות. בשנת 2008 האשימה לוסינדה דניאלס, עובדת לשעבר במשרדו, את גרין בהטרדה מינית ובאפליה בשוק העבודה כולל טענות כי גרין הפלה את דניאלס לאחר שסירבה להמשיך לקיים עמו יחסי מין. דניאלס הגישה תביעה נגד גרין אך אחר כך נמלכה בדעתה. גרין הגיש תביעה נגדית בטענה כי דניאלס איימה לתבוע אותו בגין אפליה במקום העבודה לולא ישלם לה כספים. לאחר מכן הסיר גרין את תביעתו גם כן. העיתון "The Hill" דיווח כי דוברו של גרין אמר כי השניים אכן ניהלו במהלך 2007 קשר רומנטי, אך הטענות בדבר הטרדה מינית חסרות-שחר. שנים אחר כך, ב-2017, פרסמו השניים הצהרה משותפת בה התנצלו זה בפני זו והצהירו כי הם חברים[3].
ב-17 במאי2017, לאחר שנשיא ארצות הבריתדונלד טראמפ פיטר את ג'יימס קומי, מנהל ה-FBI, הציג גרין מסמכי הדחה נגד טראמפ[4]. מיד לאחר נאומו בו הציג את הצעות לפתיחת הליך הדחה, גנז גרין את ההצעה מבלי לקרוא להצבעה, אך המשיך לקרוא להדחתו. ב-16 ביולי2019 הציג מחדש סעיפי הדחה, וכעילה לכך נימק את התקפותיו של טראמפ על חברות הסקווד (אלכסנדריה אוקסיו-קורטז, אייאנה פרסלי, רשידה טליב ואילהאן עומאר). כהחלטה מיוחסת, נדרש בית הנבחרים להצביע על אודותיה[5]. ב-17 ביולי מליאת בית הנבחרים החליטה לדחות את ההצעה, ובכך סתמה את הגולל על האפשרות. ההצבעה התקבלה ברוב של 332–95, כאשר 95 דמוקרטים (40% מכלל הסיעה הדמוקרטית) הצביעו בעד ההחלטה וכל הרפובליקנים נגדה[6]
במהלך שימוע בוועדה לשירותים פיננסיים של בית הנבחרים ב-10 באפריל 2019, בו העידו מנכ"לים של כל בנקים גדולים ומוסדות השקעה מובילים בארצות הברית, שטח גרין בפני העדים שורה של שאלות שנתפסו כמעוררות מחלוקת. הוא פתח בשאלה מדוע כל המנכ"לים הם גברים לבנים, ואז שאל האם הם רואים עצמם מצליחים בעתיד על ידי גברים צבעוניים או נשים, וביקש מהם שוב ושוב להרים ולהוריד את ידיהם[7]. למשל, גרין שאל את ג'יימי דיימון, מנכ"ל ג'יי פי מורגן צ'ייס, האם המוסד אותו מנהל הרוויח בעבר מעבדות, ודיימון השיב כי העבדות התרחשה לפני 200 שנה. היעדר הקשר בין שאלותיו של גרין לנושא הנדון בשימוע, שהיה ההשפעות שלאחר המשבר הכלכלי העולמי על הבנקים האמריקאים הגדולים, התפרש כחריגה וסטיה.