אייזק האל נולד בדרבי, קונטיקט (על פי מקורות אחרים בהנטינגטון, כיום שֶׁלְטוֹן, קונטיקט). בנעוריו הצטרף לאביו הימאי בהפלגות קצרות לאורך החוף ואף בהפלגות אל איי הודו המערבית. אביו מת בעודו נער, והוא אומץ על ידי דודו ויליאם האל, קצין במלחמת העצמאות האמריקנית ולימים גנרל ופוליטיקאי.
תקופת פיקודו על הפריגטה "קונסטיטושן" הייתה רבת־אירועים. בשנים 1811-1812 הפליגה האונייה בפיקודו אל אירופה, ושבה הבייתה זמן קצר לפני פרוץ מלחמת 1812 בין ארצות הברית לבריטניה. שייטת אויב רדפה אחר אונייתו בחוף המזרחי ביולי 1812, אך האל הצליח בכישרון רב להתחמק ממנה. ב־19 באוגוסט אותה שנה נתקלה "קונסטיטושן" בפריגטה הבריטית אה"מ "גרייר", ובקרב שנתלקח ביניהן הלמה בה בתותחיה ללא רחם ואילצה אותה להיכנע. הניצחון עורר גל של שמחה וגאווה בקרב הציבור, והוכיח כי הצי האמריקני הוא יריב ראוי ואף מסוכן לאוניותיה של המעצמה הימית הבריטית. בפרק הזמן עד סיומה של המלחמה פיקד האל על מספנת הצי בפורטסמות', שירת תקופה קצרה כקצין מינהלת הצי בוושינגטון ואחר כך פיקד על מספנת הצי בבוסטון. בין 1823 ל־1827 פיקד על שייטת האוקיינוס השקט שפעלה במימי דרום אמריקה. את תפקידו הבא, בשנים 1829-1835, עשה האל כמפקד מספנת הצי בוושינגטון. בשנים 1839-1841 פיקד על שייטת הים התיכון.