בניית כלי שיט מלחמתיים החלה בצ'ארלסטאון, מסצ'וסטס, עוד במלחמת העצמאות האמריקנית. השטח עבור המספנה נרכש ב-1800 והיא נפתחה זמן קצר אחר כך. כאן נבנתה אוניית הקו הראשונה של הצי האמריקני, "אינדפנדנס". עד שנות התשעים של המאה שימש המתחם בעיקר לתיקוני אוניות ולאחסנה, אז החלו בונים בו את אוניות הפלדה של "הצי החדש" ("New Navy").
ב-24 ביוני 1833 חנכה "קונסטיטושן" את המבדוק שנבנה במקום, הראשון מסוגו בניו אינגלנד, וב-14 במרס 1975 הייתה היא האונייה האחרונה שצפה ויצאה ממנו לפני שנסגר סופית. מפעל החבלים (ropewalk) שנפתח במספנה ב-1837 ייצר חבלים לשימוש הצי עד סגירתו ב-1975. אחרי מלחמת האזרחים שימש מתחם המספנה כבסיס אחסנה וגיוס.
בשנות התשעים של המאה ה-19 החל הצי מתרחב, והמספנה ניעורה לחיים. בשנים הראשונות של המאה העשרים נבנה מבדוק נוסף. במלחמת העולם השנייה תוקנו במספנה אוניות בריטיות שנפגעו על ידי הצי הגרמני. ב-27 בספטמבר1941, יום החירות של הצי (Liberty Fleet Day), הושקו בבוסטון שתי משחתות, "קווי" (Cowie) ו"נייט" (Knight). בוסטון הייתה אחת מארבע מספנות של הצי שנבחרה לבנות את הפריגטות מדגם "קפטן" עבור הצי המלכותי הבריטי במסגרת חוק "השאל-החכר". מאחר שארצות הברית נמצאה במלחמה כאשר נשלמה בנייתן של אוניות אלה, שימשו חלק מהן כמשחתות ליווי לאוניות הצי. לאחר המלחמה הסבה המספנה אוניות ממלחמת העולם השנייה לכלי שיט המותאמים לעידן המלחמה הקרה כחלק מתוכנית FRAM. הפעילות במספנה במהלך מלחמת קוריאה ומלחמת ווייטנאם הייתה מעטה בשל ריחוקה הרב מאזור הקרבות.
מתחם המספנה כיום
המספנה נסגרה לאחר מלחמת ווייטנאם. כשהועלו רעיונות כיצד לפתח מחדש את המקום, אחת ההצעות שנשקלו הייתה להפוך את המקום למתחם בנייה של מכליות נפט. רעיון זה נדחה בסופו של דבר, והמקום הפך לחלק מהפארק ההיסטורי הלאומי של בוסטון, המציג את אומנות הבנייה של כלי שיט מלחמתיים ותולדותיה. מספנת צ'ארלסטאון מציעה אטרקציות רבות למבקרים: פריגטת המפרשים "קונסטיטושן", הנמצאת עדיין בשירות פעיל בצי, ואוניית המוזיאון "קייסין יאנג" רתוקות לרציף מס' 1 ופתוחות לקהל הרחב. כמו כן פועל במקום מוזיאון הפריגטה "קונסטיטושן". מבדוק מס' 1 מוסיף לשמש לתחזוקת אוניות, בעיקר לכלי שיט היסטוריים.
המספנה נמצאת קרוב לקצה הצפוני של שביל החירות, ומדי שנה מבקרים בה אלפי אנשים. המעבורות של MBTA, רשות התחבורה של מפרץ מסצ'וסטס, עוצרות ברציף מס' 3, הנמצא מרחק קצר מן המספנה.
