אידה נולדה בקאנטון (אנ') שבמדינת אוהיו, והייתה הבת הבכורה של ג'יימס א. סקסטון (James A. Saxton), בנקאי אמיד. אידה התחנכה בבתי ספר מקומיים ובבית ספר לנימוסים (finishing school) ולאחר מכן, בהתאם למקובל בקרב עשירי התקופה נשלחה ל"סיור" (grand tour) באירופה.
לאחר שובה מהסיור הארוך החלה לעבוד ככספרית בסניף בנק, שם פגשה את ויליאם מקינלי אשר הגיע לקנטון בשנת 1867 להקים במקום משרד עורכי דין. בני הזוג התאהבו ונישאו. בתם הראשונה, קתרין, נולדה בחג המולד בשנת 1871 ובתם השנייה באפריל 1873, אולם במהלך הריונה חלתה אידה ובתה נפטרה באוגוסט באותה שנה. בתם הראשונה נפטרה אף היא זמן קצר מאוחר יותר ואידה חלתה והוכרזה רשמית כנכה בשנת 1876.
בעת שבעלה כיהן כמושל מדינת אוהיו, הקפיד ויליאם מקינלי להישאר בקרבת אשתו אשר נהגה לשבת כל העת בכיסא נדנדה ולא לקום ממנו.
בעת כהונתו כנשיא הקפידה אידה להסתיר את נכותה ושמרה על מראית עין של אישה בריאה. היא נהגה לקבל את פני המבקרים בהיותה יושבת על כיסא, ונהגה להחזיק זרי פרחים בידה על מנת שלא יראו את רעידות ידיה. היא נהגה לשבת לצד הנשיא בעת הסעודות הרשמיות (בניגוד לנוהג המקובל, לפיו יושבת אשת הנשיא ליד האורח המכובד ביותר), והנשיא נהג להסתיר את פניה במפית במקרים בהם היו לה התקפי רעידות והתעלפויות. העיתונות של אותה עת הקפידה לשמור על דיסקרטיות ולא לפרסם את מצב בריאותה של הגברת הראשונה.
לאחר הרצחו של הנשיא בספטמבר 1901 עברה אידה לקנטון שם טיפלה בה אחותה הצעירה. הנשיא נקבר לידי שתי בנותיו הצעירות באנדרטת מקינלי הלאומית שבקנטון, ובשנת 1907 עם מותה של אידה היא נקברה לצידו.