לאחר פרידת הוריו, כאשר היה אורי בן שש שנים, לקחה אותו אמו לברלין, ולאחר רצח אביו ביפו במאורעות תרפ"א (1921) הם שבו לתל אביב. ברנר התחנך בגימנסיה הרצליה. בעלומיו הצטרף לארגון ההגנה והקים את קבוצת "מסדה", שהפכה למחלקת קשר בארגון. עבד בחפירת בארות בפרדסים ובמפעל בסדום. הוא היה בין מקימי תנועת הנוער המחנות העולים ומזכירהּ בין השנים 1935–1936, ובשנת 1937 עלה עם גרעין מן התנועה להקים את קיבוץ מעוז חיים בעמק בית שאן, בו נשאר כל חייו.
הוא מונה למפקד מעוז חיים מטעם ההגנה, ובשנת 1938 פיקד על קרב שבו חוסלה כנופיה ערבית גדולה בעמק בית שאן. בהמשך נפצע כאשר חברי מעוז חיים יצאו לכרות זיפזיף על שפת הירדן והותקפו.
ברנר הצטרף לפלגות הלילה המיוחדות של אורד וינגייט. בשנת 1943 התגייס לפלמ"ח, ושירת בו כמפקד פלוגה וכמפקד הגדוד השני. בעקבות פציעת גב קשה נמנע ממנו להמשיך בתפקידי פיקוד קרבי, והוא מונה לסגנו של מפקד הפלמ"ח, יגאל אלון. בתפקיד זה שירת בין השנים 1945–1949.
לאחר פרישתו הכפויה מצה"ל, בעקבות פירוק הפלמ"ח, חזר לקיבוצו, מעוז חיים. אחרי לימודי היסטוריה בסמינר אפעל שימש במשך עשר שנים כמורה בבית הספר האזורי בנווה איתן, והחל לעסוק במחקר היסטורי. הוא הפך להיסטוריון של תולדות ההגנה, הפלמ"ח והקיבוץ המאוחד, והציג במחקריו, ככלל, את נקודת המבט של אנשי תנועת העבודה על ההיסטוריה הצבאית של ימי ראשית המדינה.
נפטר בשנת 1993, והובא למנוחות בבית העלמין בקיבוצו מעוז חיים.
משפחתו
היה נשוי לנסיה (לבית גולובוב), שאותה הכיר עוד בלימודיו בגימנסיה. לזוג ארבעה ילדים: שלוש בנות, מיכל, איילת ותרצה, ובן אחד, יוחי, ששמו הוא ראשי תיבות של שם סבו יוסף חיים.
ב-30 במרץ2023 נהרג נכדו, אלון ברנר, שהתגורר בקיבוץ מזרע, בתאונת עבודה בקיבוצו.[2]
ספריו
הפלמ"ח: ראשי פרקים לתולדותיו ולמעשיו / מאת אורי ברנר, ירושלים: משרד החינוך והתרבות, תשל"ב
נוכח איום הפלישה הגרמנית לארץ ישראל בשנות 1940–1942: מקורות ועדויות; ליקט והעיר: אורי ברנר, אפעל: יד טבנקין (סדרת 'מחברות מחקר', ד), 1981. (יצא שוב ב-1984)
על י"ח ברנר: עוד זכרונות / הביאו לבית הדפוס: יצחק כפכפי, אורי ברנר, תל אביב: הקיבוץ המאוחד, [הקד' 1991]
