שורשיה המוקדמים של האוניברסיטה מצויים בבית ספר זמני לרפואה שהוקם במחוז אאיצ'י לאחר רסטורציית מייג'י. בית ספר זה שימש גם כבית חולים והוא הוקם בשנת 1871. בשנת 1881 ניתן לבית החולים ולבית הספר השם "בית הספר הרפואי של אאיצ'י". בשנת 1920 שינה המוסד את שמו שוב ונודע בתור הקולג' הרפואי של אאיצ'י.
בשנת 1931 הועבר הקולג' להנהלה ממשלתית ושינה את שמו לקולג' הרפואי של נגויה. בשנת 1939 הפך מוסד זה לאוניברסיטה. עלויות הקמתה של האוניברסיטה מומנו על ידי תרומות ממחוז אאיצ'י. בעת הקמתה היו באוניברסיטה שני בתי ספר, בית ספר לרפואה ובית ספר למדעים והנדסה. ארבע שנים לאחר מכן הוקם גם מכון לרפואה תעופתית. האוניברסיטה סבלה מנזקים משמעותיים במהלך מלחמת העולם השנייה עקב ההפצצות על העיר נגויה.
בשנת 2004, לאחר שינויים במערכת ההשכלה הגבוהה ביפן, הפך מוסד הלימוד לאוניברסיטה לאומית[1].
כיום לומדים באוניברסיטה מעל 16,300 סטודנטים בתוכניות האקדמיות השונות, מהם 9,724 סטודנטים לתואר ראשון ו-6,088 לתואר שני. באוניברסיטה 3,957 חברי סגל[2]. בעיר נגויה לומדת אוכלוסיית הסטודנטים הגדולה מבין 21 ערים ביפן, אחרי הערים טוקיו וקיוטו[3].
פקולטות ומחלקות
באוניברסיטה פועלות מספר בתי ספר שבהם מתקיימים לימודים לתואר ראשון וכן בתי ספר ללימודים מתקדמים[4]. בין בתי הספר בהם נערכות תוכניות לתואר ראשון:
בית הספר למדעי החברה: בבית הספר נלמדים תחומים כגון בלשנות, תרבות יפן, היסטוריה, ספרות, תקשורת ומקצועות נוספים. רבות מהתוכניות נערכות ביפנית בלבד אולם חלקן מתקיימות גם בשפה האנגלית. מתקיימות גם תוכניות לחילופי סטודנטים המיועדות לסטודנטים בין לאומיים.
בית הספר למשפטים: בתואר הראשון בבית הספר למשפטים מתמקדים במשפט היפני ובמשפט המסחרי הבין לאומי. בבית הספר פועלת גם תוכנית לסטודנטים בין לאומיים שבה נלמדים קורסים באנגלית וביפנית.
בית הספר לכלכלה: בית הספר הוקם לאחר פיצול בית הספר לכלכלה ומשפטים בשנת 1950 לשני בתי ספר נפרדים. בבית הספר פועל מסלול בכלכלה ומסלול במנהל עסקים.
באוניברסיטת נגויה מתקיים מחקר במגוון תחומי ידע ופועלים בה מרכזים ומכוני מחקר. בין מכוני המחקר הפועלים באוניברסיטה נכללים מכון לחקר רפואה סביבתית, מרכז לחקר טכנולוגיות מידע, מרכז לחקר מדעי החומרים, מרכז לפסיכולוגיה קלינית התפתחותית ופסיכיאטריה, מרכז מחקר לניהול אסונות ומצבי חירום, מרכז לחקר המוח ומרכזים נוספים.
באוניברסיטה מתקיימים גם מחקרים בשיתוף ארגוני תעשייה וגופים ממשלתיים. האוניברסיטה יצרה שיתוף פעולה עם מעבדות חברת הטכנולוגיה פוג'יטסו לצורך פיתוח טכנולוגיה לאיתור חלבונים רעילים[5]. שיתוף פעולה נוסף של האוניברסיטה וחברת פוג'יטסו התמקד בפיתוח טכנולוגיה לניתוח שיחות טלפון לצורך איתור מקרי דיוג (פישינג)[6].
כמו כן, חוקרים מאוניברסיטת נגויה ערכו מחקר משותף עם חוקרים מאוניברסיטת אדינבורו בתחום החקלאות בהם חקרו כיצד חלוקת תאים משפיעה על כמויות יבול. זאת במסגרת פרויקט במימון ממשלת בריטניה למחקר משבר האקלים[7].
