פרננדס גדל במחלקת הנוער של ריבר פלייט וערך את הופעת הבכורה במדי הקבוצה הבוגרת ב-29 בינואר2006 ונחשב לאחד השחקנים החשובים של הקבוצה למרות גילו הצעיר.
באוגוסט 2009 עבר לקבוצת סנט אטיין הצרפתית, בתיווכו של סוכן השחקנים הישראלי פיני זהבי שלו גם היה שייך כרטיס השחקן של פרננדס.
ביולי 2010 קנתה קבוצת ולס סרספילד את השחקן ובנוסף רכשה את כרטיסו ב-1.5 מיליון דולר. ב-9 באוגוסט2012 חתם לארבע שנים בסלטה ויגו הספרדית. ב-1 בינואר2016 חתם לשלוש שנים באתלטיקו מדריד. ב-31 בינואר2018 חתם בבייג'ינג רנהה הסינית.
ב-23 ביוני 2020, פרננדס חזר לספרד והצטרף לליגה השנייה לקדיס, עמה עלה ליגה בסיום העונה.[1]