החברה נוסדה באפריל 1991 והחלה לפעול באותה שנה. היא נוצרה ממיזוג שתי החברות "NLM Cityhopper" ו-"Netherlines". כחלק מתוכנית הארגון החדשה של KLM הוחלט ליצור חברת תעופה אזורית והחברה התאחדה עם KLM UK בנובמבר 2002 תחת השם KLM Cityhopper. החברה נשלטת במלואה על ידי KLM ומועסקים בה 910 עובדים (נכון למרץ 2007).
החברה החלה בחידוש צי המטוסים שלה, המורכב בעיקר ממטוסי פוקר, ונכון לנובמבר 2009 קלטה 9 מטוסים מדגם E-190 של חברת אמבראר הברזילאית.
יעדים
חלק מהיעדים הפנימיים באירופה של KLM מתופעלים גם על ידי KLM וגם על ידי KLM Cityhopper, תלוי ביום בשבוע ובמהלך השנה. לדוגמה (נכון לינואר 2009): טיסה KL1273 מסכיפהול ל-פרובאנס-אלפ-קוט ד'אזור בניס, צרפת מתופעלת על ידי KLM כשנהוג שעון קיץ, ו- KLM Cityhopper מתפעלת טיסה זו בשאר הימים בשנה. טיסות אחרות מתופעלות בלעדית על ידי KLM Cityhopper.
באפריל 1994 התרחשה תאונה קטלנית בטיסה 433, שהמריאה מסכיפהול, לאחר כ-20 דקות מההמראה צוות המטוס ביצע הקפה לנחיתה בשל כשל באחד מהמנועים, כמה רגעים לפני הנחיתה, הצוות החליט לבצע הקפה נוספת, אך אז מסיבה לא ידועה איבדו שליטה והתרסקו ליד המסלול.
אחד מ-3 אנשי הצוות ו-2 מ-21 הנוסעים נהרגו.