עלילת המשחק עוסקת במלחמת הטיבריום השלישית, אשר נפתחת לאחר שאחוות NOD פותחת בהתקפה משולבת על מערכי הגנת החלל של יוזמת ההגנה הגלובלית (GDI). לאחר שהמערכת משותקת, משגרת אחוות NOD טיל גרעיני לעבר מרכז הפיקוד של ה-GDI, תחנת החלל "פילדלפיה".
בו בזמן, מופיע בתקשורת קיין (KANE), מנהיגה הבלתי מעורער של האחווה הנחשב כמת במשך שנים. קיין מודיע על פתיחת מלחמה נגד ה-GDI ושולח את צבאות NOD לתקוף מטרות ברחבי העולם.
בשלב מאוחר יותר של המשחק, תושמד מפקדת NOD (הידועה כמקדש של נוד Temple Prime) בסרייבו על ידי נשק העל של ה-GDI, תותח היונים (Ion Cannon). המקדש, אשר מכיל את הנשק החדש של נוד- פצצת טיבריום נוזלית, יושמד בפיצוץ אדיר שיגרום לתגובת שרשרת בכל אזור הבלקן וסביבתו.
כאשר GDI עומדת לחגוג את ניצחונה באמונה כי קיין נהרג בעת השמדת המקדש, מתגלה לפתע כי הפיצוץ האדיר של המקדש משך לכדור הארץ גזע של חייזרים הידועים בשם "סקרין" (Scrin), אשר פולשים בכוח עצום ומחריבים את מרכזי האוכלוסייה ברחבי העולם תוך שהם בונים מגדלים מוזרים באזורים המזוהמים בצורה קיצונית על ידי טיבריום.
בהתאם לצד שבוחר השחקן, ישנם 3 סיומי עלילה אפשריים למשחק.
GDI- ישנם שני סיומי עלילה:
השחקן משמיד את מרכז השליטה של כוחות הסקרין על כדור הארץ ועוצר את הפלישה באמצעים קונבנציונליים.
השחקן משמיד את אותו מרכז שליטה על ידי שימוש בפצצת טיבריום נוזלית, תוך כדי הריגת מיליוני אנשים חפים מפשע.
NOD- האחווה משתלטת על אחד המגדלים שבונים החייזרים, השחקן מוזמן להיות חלק מהמעגל הפנימי של קיין.
SCRIN- השחקן מגן על המגדל האחרון שנשאר שלם עד להשלמת בנייתו, ובסוף מתוודע לכך ששליטי הסקרין מתכננים פלישה בהיקף מלא לכדור הארץ.
הצבאות
GDI - יוזמת ההגנה הגלובלית
ראשי התיבות של הצבא הם: Global Defense Initiative, יוזמת ההגנה הגלובלית.
הצבא מורכב מכוחות צבאיים מערביים אשר התגבשו לכדי ישות צבאית אחת שהוקמה כדי להוות יריב ראוי לכוחות אחוות NOD.
ה-GDI מסתמכים על צבא מאוזן הכולל חי"ר איכותי, חיל אוויר גמיש המורכב ממטוסי אורקה (Orca) קלים, ומפציצי פיירהוק (Firehawk) רב משימתיים.
כוח השריון האיתן מורכב מנגמ"שים, טנקי פרדטור (Predator) וגולת הכותרת של שריון ה-GDI ואימת ה-NOD: טנק הממותה (Mammoth Tank).
בנוסף, ה-GDI מפעיל יחידת ארטילריה בשם ג'אגרנוט (Juggernaut) המסוגלת להחריב את מבני האויב במהירות ומטווח רחוק ביותר.
נשק העל של ה-GDI הוא לוויין בעל תותח יונים המסוגל לירות קרן אנרגיה ממוקדת ממסלולו סביב כדור הארץ.
Nod - אחוות נוד
האחווה תמיד הייתה ארגון מסתורי ופעולותיה הגלויות הראשונות התרחשו בשלהי המאה ה-20. האחווה, בראשות מנהיגה הכריזמטי קיין, מחזיקה בכוח צבאי עצום בכל רחבי העולם.
הטכנולוגיה המשמעותית ביותר שיש לאחוות נוד היא ההסוואה: שריון, חי"ר ואף מטוסים מוסווים מרכיבים את מכונת המלחמה של קיין ומבצעים באופן מושלם את טקטיקות הגרילה המרכיבות את הדוקטרינה של צבא NOD.
האחווה מסתמכת על חי"ר בסיסי בינוני למדי המורכב ממיליציות מקומיות הנתמכות על ידי חי"ר המתמחה בלוחמת גרילה, כגון "צוותי הצל" (Shadow Teams).
השריון מורכב מאופנועי סיור, ג'יפים קלים, וטנקי עקרב קלים למדיי, אך גם מטנקים מוסווים קטלניים וה-Avatar המפלצתי - מכונת מלחמה משוריינת ההולכת על 2 רגליים.
את הצבא המרשים הזה משלים חיל אוויר המורכב ממסוקים קלים בשם ונום (Venom) ומפציצים מוסווים הרסניים מדגם Vertigo.
נשק העל של האחווה היה ונשאר טיל גרעיני.
Scrin - "המבקרים", "הפולשים", "החייזרים"
לא הרבה ידוע על מקורם של הסקרין ועל ההיסטוריה שלהם, מאחר שזוהי הפעם הראשונה שהגזע מופיע באופן מלא במשחקי סדרת C&C, אם כי במשחקים הקודמים היו רמזים והתייחסויות לגזע חייזרים. הסקרין פולשים לכדור הארץ ומתחילים להילחם בצבאות ה-GDI וה-NOD. צבא הסקרין מורכב מחי"ר סטנדרטי, מלבד יחידת "מוח העל" (Mastermind) המסוגלת להשתלט על יחידות ובניינים של האויב בעזרת טלפתיה ואף לשגר יחידות ממקום אחד במפה למקום אחר באופן מיידי.
השריון של הסקרין מורכב מיחידות בסיסיות כגון ה-Seeker וה-Gun Walker ועד הטרייפוד (Tripod) האימתני שמהווה יריב ראוי לממותה של GDI ול-Avatar של NOD.
היתרון של הסקרין על שאר הצבאות הוא חיל האוויר שלהם הכולל מעין נושאת מטוסים מעופפת, מטוס המסוגל לתקוף יחידות אוויר וקרקע, ואף ארטילריה אווירית.
נשק העל של הסקרין הוא ה-RIFT: חור שחור הנפתח ושואב את כוחות האויב.
סמלי הצבאות
GDI
Nod
Scrin
קבוצה: GDI
בסמל רואים את הנשר המפורסם שהיה סמל הצבא לאורך כל סדרת המשחקים.
קבוצה: Nod
בסמל רואים את העקרב המפורסם שייצג את הצבא מאז המשחק הראשון והמקורי.
קבוצה: Scrin
בסמל רואים יצור חייזרי המסמל את מאפייני הצבא.
המשכיות הסדרה
מספר יחידות ודמויות מהמשחק הראשון בסדרה של Command and Conquer המשיכו לאורך כל הסדרה ונמצאים גם ב-Tiberium Wars.
הדמות הראשונה היא קיין, מנהיג צבא NOD, המגולם על ידי השחקן ג'וזף קוקאן.
יחידות מוכרות המופיעות לאורך הסדרה הם: מטוס האורקה (Orca) המוכר וטנק הממותה בצבא GDI, כמו גם ה-stealth tank וה-Flame Tank בצבא Nod.
גם יחידות חי"ר חוזרות על עצמם, למשל היחידות הפשוטות והמהנדסים (Engineer). עם זאת, במשחק זה בכל צבא יש ליחידת המהנדס שם שונה ומספר יכולות שונות.
דוגמה נוספת היא יחידת הרימונים בצבא GDI, אשר נשארה לאורך כל סדרת המשחקים תוך שינויים מסוימים: במשחק הראשון היחידה הייתה המקבילה ליחידת הטילים של NOD. במשחק Tiberium Sun היחידה הפכה ליחידה שזורקת דיסקיות. במשחק Tiberium Wars היחידה השתדרגה ועכשיו מקבילה ליחידת Black Hand של NOD שתפקידם להרוג חיילים שמבוצרים במבנים במהירות. אך הם עדיין חזקים כנגד רכבים.
טלאי 1.05
טלאי זה הוא המשמעותי מבין כל הטלאים שיצאו עד כה בעקבות היותו משנה איזון וכוחות נוספים (לדעת רבים המשחק השתנה לגמרי). הוא מחליש את צבא ה-NOD (שהיה לו יתרון ברור על כל הצבאות עקב מחיר היחידות שלו) בצורה משמעותית. הטלאי בא לתת מענה לכל הראשרים ששחקני NOD עשו עם טנקי העקרב ומטוסי הוונום וטענת גיימרים האומרים שהסקרין חלשים מדי. לאחר שהטלאי יצא התגלו בו בעיות רבות (בין השאר שבלתי אפשרי היה להוריד מהעדכונים האוטומטים של המשחק במשך השעות הראשונות) ושגיאות שהופיעו לאחר התקנת הטלאי. מפתחי המשחק הוציאו פתרון לבעיה (מפוקפק למדי) שיוצר בעיות עם אותיות הכוננים (מה שיוצר בעיות בהעלאת Windows) גודל הטלאי הוא 110 מגה-בייט.
שחקנים
במשחק מופיעים שחקניקולנוע וטלוויזיה מפורסמים ומוכרים המגלמים תפקידים שונים במהלך סרטוני המעבר בין משימה למשימה.
החברה המפיצה Electronic Arts גייסה את כישוריהם של כתבי חדשות עולמיים אמיתיים, הכוללים את שאנון קוק (כתבת חברת החדשות CNN) וג'ון האק (כתב חדשות Fox News בלאס וגאס) לצורך סצינות דיווחי התקשורת של Tiberium Wars, אשר בוימו על ידי הבמאי ריצ'רד טיילור.
עובדות נוספות
עובדות נוספות על המשחק כוללות:
חזרתה של שיטת איסוף המשאבים המסורתית, רכבי בנייה ניידים, גשרים הניתנים להריסה וכו'.
Command & Conquer 3 נעשה שימוש בחלון צדדי ימני למתן הפקודות.
המשחק יצא גם כן בגרסתו לקונסולת Xbox 360 ומבחינת משחק הרשת הוא עושה שימוש במצלמת הראייה של XBOX LIVE.
C&C 3 יצא בשתי גרסאות שונות ונפרדות: הגרסה הסטנדרטית שכוללת רק את המשחק, ו"גרסת קיין" אשר כוללת בתוכה שלל חומרים מורחבים ומאופיינת גם כגרסת האספנים.
חברת Electronic Arts הקימה מספר אירועים מיוחדים לרגל השקת המשחק, הצצה ראשונית, דיונים ועוד ברחבי ארצות הברית.
שחקנים שאינם משתתפים בקרב עצמו יוכלו בכל זאת להיכנס למשחק במצב מיוחד בשם 'צופה', לחזות במלחמה המתרחשת, ואף לספק קריינות ברקע.
38 משימות לשחקן (34 משימות ל-GDI ו-NOD ו-4 לחייזרים).
דרישות מערכת מינימליות:
מערכת הפעלה מסוג חלונות XP או חלונות ויסטה, מעבד במהירות של 2.0 GHz, זיכרון RAM של 512MB ומעלה, לפחות 6 GB מקום פנוי בכונן הקשיח, כרטיס מסך מסוג GeForce 3 (לא תומך בסדרת MX) או ATI Radeon 8500 (לא תומך 9200 ו-9250).
גרסת הדגמה
גרסת ההדגמה (דמו) של C&C 3 שוחררה ב-26 בפברואר2007 באופן רשמי וכעת ניתן להורידה ממספר אתרי משחקים ברשת האינטרנט. הדמו כולל בתוכו את שלב לימוד המשחק המעשי, סרטון וידאו, 2 משימות של צבא ה-GDI וכן מצב מרובי צבאות פנימי מוגבל שבאופן רשמי תומך בצבאות ה-GDI בלבד. ניתן גם לשחק בצבא ה-NOD במצב מרובי הצבאות בלחיצה על NOD בתחתית הרשימה ובלחיצה נוספת על 'n' .