תומאס ג'ונס נולד במייקון, ג'ורג'יה כבנם של מרתה גוד ושל סמואל ג'ונס, מהנדס רכבות שעבר לג'ורג'יה ב-1839 להיות עוזר המהנדס של חברת הרכבות מונרו, שעד מהרה הוכרזה כפושטת רגל. על אף קשיים פיננסיים בתקופה בה נולד בנו תומאס, נעשה סמואל ג'ונס מהנדס בכמה חברות רכבת באלבמה ובפלורידה, והיה לאחד מראשוני התעשיינים באלבמה, ולזמן מה חבר בית הנבחרים של אלבמה מטעם מחוז לי.
זמן קצר לפני פרוץ המלחמה, השלים סמואל ג'ונס את סלילת מסילת הברזל אלבמה-פלורידה, שהייתה ציר האספקה לבסיס צי הקונפדרציה בפנסקולה, פלורידה. הוא גם סייע להקים את מחצבות צ'ווקלה, את מכרות הגופרית בטלדיגה, ואת חברת העץ של מוסקוגי, והשלים את סלילת מסילת הברזל שקישרה את מונטגומרי עם סלמה, אלבמה, זמן קצר לפני תום המלחמה, ולאחר מכן את מסילת הברזל סוואנה-ממפיס.
שורשיה של משפחת ג'ונס מגיעים עד לקפטן רוג'ר ג'ונס, שפיקד על ספינה של הצי המלכותי הבריטי במפרץ צ'ספיק ב-1680, ושבנו הצעיר, תומאס, התיישב ליד מבצר מונרו באזור שהיה למחוז ברונסוויק, וירג'יניה. אחד מצאצאיו של תומאס, ג'ון ג'ונס, ייצג את המחוז בבית השועים (House of Burgesses) של וירג'יניה והיה קפטן ברגימנט של וירג'יניה במהלך מלחמת העצמאות של ארצות הברית. בנו, ד"ר תומאס ויליאמסון ג'ונס, למד באוניברסיטת קרוליינה הצפונית לפני שנשא לאישה את מרי ארמסטיד גוד. בנם הבכור, סמואל גוד ג'ונס, למד בויליאמס קולג' במסצ'וסטס וניוארק קולג' (כיום אוניברסיטת דלאוור) לפני שנשא לאישה את מרתה גוד. ב-1849 העביר סמואל ג'ונס את משפחתו הצעירה למונטגומרי, אלבמה, כאשר הוא שימש כמהנדס המסילה מונטגומרי-וסט פוינט.
לתומאס ג'ונס הייתה אחות, מרי, שנולדה באטלנטה ב-1847, ועוד חמישה אחים ואחיות נוספים שהגיעו לבגרות עד לפרוץ מלחמת האזרחים, בנוסף לשבעת אחיו-למחצה שנולדו כאמור מנישואיו השניים של אביו. הוא לא התחנך בבית ונשלח ללמוד בבית ספר תיכון בשארלוטסוויל, וירג'יניה. בקיץ 1860 הוא החל ללמוד במכון הצבאי של וירג'יניה (Virginia Military Institute), וחבריו ללימודים בחרו בו כסמל.
במהלך מלחמת האזרחים, במחנה החורף בפיטרסבורג, וריג'יניה, החל ג'ונס ללמוד את הספר פירושים על דיני אנגליה (אנ') של ויליאם בלקסטון. לאחר המלחמה הוא כשל כבעל מטעים. הוא עבד כפקיד של חברת הרכבות אלבמה ופלורידה, והודות לאביו, הוא למד משפטים בקריאה עצמית בהדרכתו של ג'ון א. אלמור, ובמקביל בכיתות ערב עם נשיא בית המשפט העליון של אלבמה, אברם ג'וזף ווקר.
מלחמת האזרחים
עוד לפני תום הסמסטר הראשון ללימודיו של ג'ונס, הכריזה קרוליינה הדרומית על פרישתה מהאיחוד. ב-1 במאי1861 לאחר ההצבעה על פרישתה של וירג'יניה, כ-200 שוחרים, כולל ג'ונס, הצטרפו לפרופסור ומייג'ור גנרלתומאס ג'ונתן ג'קסון והתגייסו לצבא הקונפדרציה. לימים נזכר ג'ונס שתפקידו הצבאי הראשון הייתה קבורת המתים לאחר קרב מקדואל. השוחרים צעדו עם אנשיו של ג'קסון עד 16 במאי, כאשר הם נקראו לשוב לבית ספרם, ומאוחר יותר הוענקו להם תוארי כבוד. בינתיים, שב ג'ונס למונטגומרי, והתגייס כטוראי לסיירים של פלוגה K של הרגימנט ה-53 של אלבמה, אך עד מהרה הוא קודם לדרגת סמל. היחידה לחמה בקרב תחנת תומפסון (אנ') בטנסי, וג'ונס קיבל מינוי של לוטננט לאחר שהוביל את היחידה על אף פציעתו בקרב. הן הקפטן והן הלוטננט של הפלוגה נפצעו ונטשו את שדה המערכה.
בשובו מהמלחמה, תבע ג'ונס את ירושתה של אימו, וב-1865 רכש שטח אדמה של 750 אקרים בדרום מחוז מונטגומרי. אף על פי כן, הוא כשל כחוואי ועבר ב-1869 יחד עם אימו החורגת למונטגומרי. חובות קשים, מחירי הכותנה הנמוכים, ויום שישי השחור (אנ'), גרמו לו לאבד ב-1870 את חוותו.
פעילות משפטית וציבורית
בינתיים, היה ג'ונס לעורך העיתון Montgomery Daily Picayune, ובמקביל למד ב-1868משפטים בקריאה עצמית. באותה שנה הוא התקבל ללשכת עורכי הדין של אלבמה, והחל לעסוק בעריכת דין במגזר הפרטי במונטגומרי. עד נובמבר אותה שנה הוא עבד כעורך דין וכעורך עם אחיו של השופט ווקר, האל ווקר. העיתון אותו הוא ערך היה מזוהה עם המפלגה הדמוקרטית, זלזל ב"שלטון הכושים", והציע את הנהגתה של הפרדה גזעית, אף על פי שלא כמו עיתונים רדיקלים אחרים, הוא גם דחף לקידום חינוכם של ילדי השחורים. ג'ונס גם החל להיות פעיל במפלגה הדמוקרטית המקומית, ובתחילה התנגד לקבוצות שלכאורה ניסו למנוע את ספירת הקולות עבור הדמוקרט רוברט לינדזי למשרת מושל אלבמה. על כל פנים, אחרים אפיינו את המאמצים הללו כהטלת אימה על המצביעים השחורים. ב-1874 שמו הדמוקרטים קץ לשלטון המפלגה הרפובליקנית באלבמה, לאחר מערכת בחירות שבה הוביל ג'ונס כמאה חברי מפלגה חמושים שסיירו במונטגומרי ביום הבחירות כדי להפחיד מצביעים רפובליקנים. מינוי של ג'ונס כרשם ההחלטות של בית המשפט העליון של אלבמה על ידי נשיא בית המשפט אלישע פק, העניק לו גם תעסוקה משפטית במהלך שנות ה-70 של המאה ה-19.
ב-1874 כבר היה ג'ונס שותף במשרד עורכי הדין של הנשיא לשעבר של בית המשפט העליון של אלבמה, סמואל פ. רייס, זאת על אף חברותו של זה האחרון למפלגה הרפובליקנית במהלך תקופת השיקום. על כל פנים, הוא התפטר במהלך סכסוך על תחנת רכבת בין העיר מונטגומרי לבין לקוחה של רייס, חברת הרכבות של דרום וצפון אלבמה. חברת הרכבות לואיוויל ונאשוויל הפכה מאוחר יותר לאחת מהלקוחות הראשיים של ג'ונס, בנוסף לחברת עבודות המים של עיר הבירה, חברת הטלגרף וסטרן יוניון, חברת סאות'רן אקספרס, וחברת סטנדרד אויל. ב-1898 כבר היה ג'ונס שותפו של אחיו-למחצה, צ'ארלס פולרד ג'ונס.
ב-1887 כתב ג'ונס את אחד הנוסחים הראשונים של ספרי האתיקה המשפטית, שאומץ על ידי לשכת עורכי הדין של אלבמה, וב-1907 שולב בקוד האתי המקצועי של לשכת עורכי הדין האמריקאית.
לאחר המלחמה סייע ג'ונס לארגן את המשמר הלאומי של אלבמה. אף על פי כן, מאמציו לארגן את המשמר האישי של המושל הסתיימו בפירוקו על ידי הרשויות הפדרליות ב-1868.
לעיתים קרובות דיבר ג'ונס על הצורך בפיוס בין ארצות הברית לבין מדינות הקונפדרציה לשעבר, בתחילה בנאום שנשא ביום הזיכרון של 1874, שנוסחו פורסם בתפוצה ארצית, וכך בסוף שנה זו מינה אותו המושל הנבחר ג'ורג' יוסטון כעוזרו לענייני צבא. ב-1877 העניק הצבא הגדול של הרפובליקה (אנ') לג'ונס מדליית זהב על מאמצי השלום שלו. הוא גם נאם בעת ביקורו האחרון של ג'פרסון דייוויס במונטגומרי ב-1886 ונשא את נאום יום הזיכרון באטלנטה ב-1886 ועל קברו של יוליסס ס. גרנט בניו יורק ב-1902. ב-1874 הציע משמר המושל את שירותיו למושל יוסטון, וב-1881 הם התארגנו באופן רשמי ככוחות המדינתיים של אלבמה. ב-1876 התפטר ג'ונס מתפקידו כעוזר המושל והיה הקפטן של הארגון "מונטגומרי גרייס". ארבע שנים לאחר מכן בחר הרגימנט השני בג'ונס כמפקדו. הוא פיקח על פעילותם, כולל הצלתו של גבר שחור ממעשה לינץ' במהלך במהלך מהומות פוסי שהתחוללו בדצמבר 1883 ואדם לבן בברמינגהאם בדצמבר 1888.
ראשית הקריירה הפוליטית
בסופו של דבר ביקש ג'ונס להיבחר למשרה ציבורית מטעם הדמוקרטים. בתחילה הוא שימש כחבר מועצת העיר מונטגומרי בשנים 1874–1884. לאחר מכן הוא ניצח בבחירות לבית הנבחרים של אלבמה, בו הוא כיהן בשנים 1884–1884 ולאחר מכן דחה אפשרות של התמודדות על תקופת כהונה נוספת. בשנתיים האחרונות לכהונתו בבית הנבחרים הוא נבחר כיושב ראש הבית וקידם את מימון המיליציה על ידי המדינה ואת יצירת מכלול הקפיטול המדינתי. להפתעת רבים, ג'ונס הצביע בהצבעה שוברת שוויון כך שעל הנהלות חברות הרכבות, שבעבר היו לקוחותיו, הוטלה האחריות על תאונות עבודה. הוא גם התנגד למאמציו של המושל אדוארד אוניל לשלוט במועצת הרכבות של אלבמה.
מושל אלבמה
במקום להתמודד על תקופת כהונה נוספת בבית הנבחרים, שב ג'ונס לעיסוקו בעריכת דין כדי לגייס כספים למסע הבחירות שלו למשרת המושל, שנחל הצלחה. הוא הביס את החוואי רובן קולב ומועמדים אחרים בוועידת הדמוקרטים לאחר כמה סבבי הצבעה וניצח בקלות את מועמד הרפובליקנים בנג'מין מ. לונג בבחירות הכלליות. ג'ונס כיהן כמושל אלבמה בשנים 1890–1894.
בשנתיים הראשונות לכהונתו כמושל, הציע ג'ונס קבלת תיקון לחוקה שיאפשר מושבים ארוכים של בית המחוקקים ושיתיר לרשויות המקומיות להטיל מיסים למימון החינוך והעבודות הציבוריות. הוא גם התנגד למזימות לשלול מהאפרו-אמריקאים את זכות ההצבעה באמצעות הטלת דרישות של השכלה או בעלות על רכוש, וגינה את ההצעות להגביל את ההכנסות ממיסים ממשלמי המיסים הלבנים עבור בית ספר לילדי הלבנים והגדיר אותן כנוגדות את החוקה. כמי שהיה בעד שוויון גזעי, הוא התנגד לקיומה של מערכת העסקת האסירים של אלבמה, על אף התעמולה שהיא סייעה למיסוד העליונות הלבנה ולחיסכון בהוצאות הממשלה. באופן אירוני, ג'ונס נכנס לתפקידו במהלך שביתה של כורי הפחם שהתנגדו לתחרות בלתי הוגנת מצד האסירים המועסקים, שבתחילה הוא פתר אותה יחד עם אגוד עובדי המכרות באמצעות מינוי נציב בריאות ובטיחות. את כהונתו הוא סיים כאשר הוא טיפל בשביתה של הכורים בברמינגהאם נגד חברת הפחם והפלדה והרכבת של טנסי, שבמהלכה הוא הפעיל את כוחות הצבא של המדינה לאחר שהעסקתם של מפירי שביתה שחורים עוררה אלימות. שביתה זו הורחבה על ידי יוג'ין דבס כך שהשובתים הצטרפו לשביתת פולמן.
על אף התפארותו של ג'ונס בקיצוץ במיסים, אלבמה עמדה על סף פשיטת רגל, ובמהלך המחצית השנייה של כהונתו, סירב בית המחוקקים להגדיל את מיסי התאגידים כפי שהציע ג'ונס.
הפוליטיקה הוכיחה את עצמה כרבת תהפוכות, וניסיונותיו של ג'ונס להחליף את יריבו הפוליטי לשעבר, רובן קולב, כנציב החקלאות בתקופת כהונתו השנייה כמעט והפכו לניצחון הרה אסון. בית המשפט העליון של אלבמה אישר את המינוי החדש של ג'ונס לתפקיד נציב החקלאות כאשר קולב סירב לפנות את מושבו עם תום תקופת כהונתו, ובבחירות לתקופת כהונתו השנייה של ג'ונס למשרת המושל הוא התמודד מולו כמועמד עצמאי ונוצח על ידו בהפרש קל, בדיוק כמו בבחירות המקדימות של הדמוקרטים, שאת הניצחון בהן של ג'ונס ייחס קולב לייצוג היתר של השחורים במדינה.
ג'ונס המשיך להתמודד עם טענתו של קולב שבבחירות של 1892 הוא נוצח במרמה עד יום מותו. יושב ראש בית הנבחרים של אלבמה, פרנק ל. פטוס, ונשיא הסנאט המדינתי ג'ון סי קומפטון היו גם הם מאוכלוסיית השחורים והתעלמו מבקשותיו של קולב לחקירה. באופן אירוני, על רקע התבטאויותיו של קולב בזכות העליונות הלבנה, ניסיונותיו לקשר את ברית החקלאים עם מועמד המפלגה הפופוליסטית לנשיאות, גנרל צבא ארצות הברית לשעבר ג'יימס וייבר, פגעו בסיכויו של זה האחרון להיבחר, שכן רבים מתושבי אלבמה לא תמכו בווייבר ולא במועמד הרפובליקנים בנג'מין הריסון.
ב-8 באוגוסט1894, שבועיים לאחר שג'ונס הכריז שכוחות הצבא של אלבמה יישארו בברמינגהאם עד לאחר סיום שביתת הכורים, איבד קולב שוב את סיכוייו להיות מושל אלבה, והפעם הוא הפסיד לדמוקרט ויליאם קלווין אוטס, שלא כמו ג'ונס, תמך במערת העסקת האסירים. ההוצאות שהוציאה המדינה במהלך תקופת כהונתו כמושל ירדפו את ג'ונס עד יומו האחרון.
ג'ונס לא התמודד בבחירות לסנאט של ארצות הברית מול ג'ון טיילר מורגן, ונותר פעיל פוליטית בתמיכה בנשיא גרובר קליבלנד. הוא היה לאיש סיעת תומכי תקן הזהב במפלגה הדמוקרטית במקום לתמוך בויליאם ג'נינגס ברייאן, זאת על אף הביקורת שהמשיך להטיח בו קולב. על כל פנים, סיעת תומכי תקן הזהב זכתה ב-6,453 קולות בלבד באלבמה, זאת בהשוואה ל-107,137 שהצביעו בעד ברייאן, וכך נראה היה שהשפעתו הפוליטית של ג'ונס באלבמה באה לקיצה.
ב-1897 השתקם כוחו הפוליטי של ג'ונס כאשר הוא נשאר במונטגומרי, זאת על אף מגפת הקדחת הצהובה שהכתה את אזור החף הדרומי, מדיניות הדברת המגפה שלו, הקורבנות הרבים ומדיניות הסגר שהוטל בסיוע כוחות חמושים. 11 המתים במגפה במונטגומרי היו חלק מלפחות 71 מתים בכל המדינה.
שופט פדרלי
ב-7 באוקטובר1901 מינה הנשיאתאודור רוזוולט את ג'ונס במינוי פגרה למושב שיפוט משותף של בתי המשפט הפדרליים של המחוז הצפוני והמחוז המרכזי של אלבמה, שהתפנה עקב פטירתו של השופט ג'ון ברוס. ב-5 בדצמבר הגיש הנשיא רוזוולט את המינוי של ג'ונס לאישור רשמי של הסנאט של ארצות הברית, שאישר את המינוי ב-17 בדצמבר, ובאותו יום קיבל ג'ונס את המינוי באופן רשמי. הוא כיהן על כס השיפוט עד למותו.
ג'ונס נחשב לשופט מתון. הוא התנגד לארגוני העובדים, אך תמך בתיקון ה-14 והיה ידידו של מנהיג השחורים בוקר טי. וושינגטון, שלו חב ג'ונס את מינויו לשופט פדרלי. רוזוולט, שגם הוא היה ידידו של וושינגטון, ביקש ממנו שם של מועמד דמוקרטי דרומי שהוא סבר שיתאים להיות שופט פדרלי, וושינגטון הציע את שמו של ג'ונס כמועמד.
במהלך תקופת כהונתו על כס השיפוט, שמע ג'ונס עתירות בתיקי זכויות אזרח, נקט בעמדה נגד מעשי לינץ' וסירב לאפשר למערכת העסקת האסירים להפוך לעבדות דה-פקטו. עמדותיו אלו הפכו לבלתי פופולריות בקרב הקהילה הלבנה כאשר הוא קבע שהחוק הפדרלי מתיר את ההגנה על האוכלוסייה השחורה.
אף על פי שבנובמבר 1913 שב ג'ונס לאלבמה למלא את תפקידו, עד מהרה הוא יצא שוב לתקופת היעדרות מסיבות בריאות. הוא היה מרותק למיטתו במשך שבועות עד שב-26 באפריל1914 איבד את הכרתו. יומיים לאחר מכן, ב-28 באפריל 1914, נפטר תומאס ג'ונס במונטגומרי. בהלווייתו, שהתקיימה בבית הקברות אוקווד המקומי, נכחו מאות, כולל אפרו-אמריקאים רבים.