עם פטירת אביו, בחנוכה תשנ"ז (דצמבר 1996) הכתירו רוב החסידים את האח הצעיר רבי דוד קאהן כאדמו"ר במקום אביו, ורבי שמואל יעקב פרש מהחסידות עם תומכיו והקים את חסידות תולדות אברהם יצחק. בראש תומכיו עמדו הרב מאיר ברנדסדורפר והרב דניאל פריש[1]. לאחר הקמת הקהילה מונה הרב ברנדסדורפר כרב הקהילה עד לפטירתו.
בחסידות תולדות אברהם יצחק התגבש בהנהגתו קו מתון יחסית לחסידות האֵם, כגון בנוגע לתקנות החסידות בענייני לבוש ותנאי הצטרפות זרים לחסידות. צעד זה הקל על רבים להצטרף לחסידות והביא רבים שנטשו בעבר את חסידות תולדות אהרן לשוב אליה. כמו כן, החסידות התפייסה עם חסידות בעלז לאחר נתק ארוך שנים.
הרב קאהן נודע כמי ששם דגש על שבת כערך מרכזי בתורת החסידות, רעיון הלקוח מחסידות ויז'ניץ, ומתבטא בעריכת אירועים סביב השבת כאשר השיא הוא בטיש שעורך האדמו"ר בליל שבת עד השעות הקטנות של הלילה. אירוע זה מושך אליו רבים גם מחוץ לחסידות.