במרץ 1944 פלש הצבא הגרמני להונגריה והחלה שואת יהודי הונגריה. באביב, מיד לאחר חג הפסח, גורשו יהודי הכפר לגטו שאטוראליאויהיי.[2] ככל יהודי הגטו, הצטווה האב לגזוז את פאותיו וזקנו. מהגטו גורשו שמואל ובני משפחתו לאושוויץ. הוריו של בוגלר ושלושת ילדיה של דודתו נשלחו בסלקציה לתאי הגזים ונספו. בוגלר ואחיו חיים עברו את הסלקציה ולאחר מספר ימים נשלחו למחנה עבודה ליד ורוצלאב. במקום היו מאות יהודים מפולין. רוב היהודים ההונגרים לא ידעו יידיש, ובוגלר ואחיו, דוברי היידיש, הפכו למתורגמנים בין הקבוצות.
ב-31 בינואר 1945 הוצאו בוגלר ואחיו לצעדת מוות והגיעו לבוכנוואלד, שם שוחררו על ידי הצבא האמריקאי. לאחר חודשיים שבו השניים לכפרם, שם גילו שאחד מאחיהם ואחת מאחיותיהם שרדו אף הם. אח ואחות נוספים היגרו מאירופה עוד לפני המלחמה.
בוגלר התגייס למחלקה הדתית של הפלמ"ח. בדצמבר 1947 יצא מתל אביב לירושלים עם שיירת מזון. בוגלר לחם בגוש עציון על הגנתו ועם נפילת הגוש במאי 1948 נפל בשבי הלגיון הירדני. במחנה השבויים בעבר הירדן הצטרף בוגלר לכוחות השיטור והיה סגן המפקד. בוגלר היה אחראי על חלוקת האוכל והמים וכן על המסדרים במחנה. הוא למד היסטוריה, גאוגרפיה ומתמטיקה והתאמן בכדורעף.
באפריל 1949, לאחר כמעט שנה בשבי, שוחרר שמואל והתגייס למשטרה. בוגלר עבר קורס קצינים, ובמהלך השנים מונה למפקד תחנת באר שבע[4] ותחנת קריית גת, הקים את הלשכה המשפטית בבאר שבע, מונה לראש מחלקת התנועה של המטה הארצי במשטרת ישראל, ומילא תפקידים בכירים, כולל תפקיד סגן מפקד המחוז הדרומי.[5]
בשנת 1985, לאחר פרישתו לגמלאות בדרגת תת-ניצב, נתמנה בוגלר לתפקיד מזכ"ל המועצה הלאומית למניעת תאונות והיה ממקימי המכון הארצי לנהיגה מונעת. בוגלר מילא תפקידים ציבוריים נוספים והתנדב במחלקה לחסידי אומות העולם ביד ושם כמתרגם עדויות מהונגרית לעברית.
בוגלר כיהן כנציג ציבור בבית הדין לעבודה בירושלים.[דרושה הבהרה]
במשך שנים רבות נפגש בוגלר עם בני נוער, מבוגרים, חיילים ואזרחים וסיפר את קורותיו ואת סיפור משפחתו וקהילתו במהלך השואה ואחריה.
לשמואל ולשושנה בן, אבי, יליד 1953, ובת, ענת בוגלר-בן אוליאל, חמש נכדות וחמישה נינים.
ספר בהשתתפות בוגלר
בספרה של מיכל פרינס "רק הילדות אינה מזדקנת" (הוצאת כרמל, עריכה: מירה קני-פז, (2013)) מועלה סיפורם של שמונה שורדי שואה שחוו את השואה בילדותם. הספר הוא פרי השתתפותם של קבוצת כתיבה אוטוביוגרפית שהתקיימה בסניף 'עמך' בירושלים.
בקבוצה נמנים: רחל צלניקר, מרגלית פריד, שמואל בוגלר, אסתר רוטר,[7] יעקב הצובאי, יונה אלטשולר, אליסיה וסרטייל ומירה קני-פז,[8][9]
ארגון יוצאי מרכז אירופה, סניף ירושלים אירח שלושה מהכותבים: כולל את בוגלר, אשר סיפרו את סיפור השתיקה, הכתיבה והשחרור.